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Enregistrement W2741745850

PML nuclear bodies are juxtaposed to DNA-DSBs following IR-induced DNA damage

2008· article· en· W2741745850 sur OpenAlexaff
Kenneth Chor Kin Tse, Farid Jalali, Ramya Kumareswaran, Graham Dellaire, David P. Bazett‐Jones, Robert G. Bristow

Notice bibliographique

RevueCancer Research · 2008
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRetinoids in leukemia and cellular processes
Établissements canadiensDalhousie University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésDNA damageDNAPromyelocytic leukemia proteinMolecular biologyRAD51Death-associated protein 6DNA repairBiologyDNA replicationCell cycleChemistryNuclear proteinCancer researchCellGeneticsTranscription factor
DOInon disponible

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

4317 The promyelocytic leukemia (PML) tumor suppressor protein aggregates in discrete PML nuclear bodies (PML-NBs) that are detectable by immunofluorescenct microscopy. PML foci number can change as a function of the cell cycle and various cell stresses, including DNA damage. γ-H2AX nuclear foci are commonly used as an indicator of DNA double strand breaks (DNA-DSBs). γ-H2AX foci increase in response to DNA-DSBs in a time- and dose-responsive fashion and resolve to background level upon the repair of DNA-DSBs. Our labs have previously published (Dellaire et al., JCB, 2006) the post-irradiation kinetics of γ-H2AX and PML foci in asynchronous cell populations. In the minutes following DNA damage, PML foci increased in number especially in S-phase cells. However, whether PML-NBs were associated with exogenous or endogenous (e.g. DNA replication associated) damage was unclear. In a detailed study, we have determined the number and intra-nuclear locale of γ-H2AX and other DNA repair biomarkers (e.g. 53BP1, RAD51, RPA, MRE11, TRF2 and MDC1) in relation to PML foci, within G0-G1 synchronized normal human fibroblasts (GM5757) to solely characterize PML responses to exogenous DNA damage. Following a clinically-relevant dose of 2Gy, PML foci number remained constant over 24 hours in contrast to initial induction and resolution kinetics of the known DNA-DSB biomarkers. In other studies, PML foci number was independent of radiation dose and in contrast to γ-H2AX and 53BP1, did not show increased residual foci at 24 hours in 180BR (NHEJ-deficient) cells or following DNA-PKcs biochemical inhibition with KU-7440. However, 3-D confocal microscopy studies showed that PML bodies juxtaposed to the sites of γ-H2AX-associated DNA-DSBs suggesting involvement in unique chromatin-based locales of DNA repair. Ongoing experiments are testing whether this juxtaposition is in euchromatin or heterochromatin and whether S-phase cells differ in this PML-associated biology. The effect of hypoxia is also being investigated on PML/DNA-DSB juxtaposition and will be reported. Our studies support that PML-NBs are juxtaposed with DNA-DSBs following both exogenous and endogenous DNA damage and may be preferential intranuclear sites of DNA repair.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,060
Score d'incertitude au seuil0,752

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,067
Tête enseignante GPT0,363
Écart entre enseignants0,296 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2008
Routes d'admission1
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