Transcriptome analysis reveals plant response to colchicine treatment during on chromosome doubling
Notice bibliographique
Résumé
Colchicine was commonly used to artificially double chromosomes while the transcriptome changes in colchicine treated plants has rarely been characterized. To understand the molecular mechanism of colchicine on chromosome doubling, we characterized transcriptome data of diploid orchardgrass root after colchicine treatment. Our results showed that 3381 of differentially expressed genes (DEGs) were mainly affected by water stress, 1258 DEGs that were expressed significantly in sample DacR5tr but not in DacR5ck were considered to be mainly affected by colchicine and combination of water and colchicine. These DEGs mainly regulated by colchicine were enriched to gene ontology (GO) accessions of cation binding, catalytic activity, membrane and transporter activity, and enriched to Kyoto Encyclopedia of Genes and Genome (KEGG) pathways of phenylpropanoid biosynthesis, phenylalanine metabolism, plant hormone signal transduction and starch and sucrose metabolism. Genes related to microtubule, spindle, chromosomal kinetochore, vesicle, cellulose and processes of cytoplasm movement, chromatid segregation, membrane and cell wall development were inhibited by colchicine. Our results revealed that colchicine restrained the microtubules and inhibited gene expression of cytokinesis, which might slow down the cell activity, delay the cell into anaerobic respiration, resulting in apoptosis at late stage, and relieving of waterlogging.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».