A Direct from Blood Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction Assay for Monitoring Falciparum Malaria Parasite Transmission in Elimination Settings
Notice bibliographique
Résumé
malaria parasites that amplifies RNA targets directly from blood. We developed the assay to identify gametocyte-specific transcripts in parasites from patient blood samples, as a means of monitoring malaria parasite transmission in field settings. To perform the test, blood is added directly to a master mix in PCR tubes and analyzed by real-time PCR. The limit of detection of the assay on both conventional and portable real-time PCR instruments was 100 parasites/mL for 18S rRNA, and 1,000 parasites/mL for asexual (PFE0065W) and gametocyte (PF14_0367, PFGEXP5) mRNA targets. The usefulness of this assay in field studies was explored in samples from individuals living in a high-transmission region in Cameroon. The sensitivity and specificity of the assay compared with a standard two-step RT-PCR was 100% for 18S rRNA on both conventional and portable instruments. For PF14_0367, the sensitivity and specificity were 85.7% and 70.0%, respectively, on the conventional instrument and 78.6% and 90%, respectively, on the portable instrument. The concordance for assays run on the two instruments was 100% for 18S rRNA, and 79.2% for PF14_0367, with most discrepancies resulting from samples with low transcript levels. The results show asexual and sexual stage RNA targets can be detected directly from blood samples in a simple one-step test on a field-friendly instrument. This assay may be useful for monitoring malaria parasite transmission potential in elimination settings, where sensitive diagnostics are needed to evaluate the progress of malaria eradication initiatives.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».