Classification of the Pospiviroidae based on their structural hallmarks
Notice bibliographique
Résumé
The simplest known plant pathogens are the viroids. Because of their non-coding single-stranded circular RNA genome, they depend on both their sequence and their structure for both a successful infection and their replication. In the recent years, important progress in the elucidation of their structures was achieved using an adaptation of the selective 2'-hydroxyl acylation analyzed by primer extension (SHAPE) protocol in order to probe viroid structures in solution. Previously, SHAPE has been adapted to elucidate the structures of all of the members of the family Avsunviroidae, as well as those of a few members of the family Pospiviroidae. In this study, with the goal of providing an entire compendium of the secondary structures of the various viroid species, a total of thirteen new Pospiviroidae members were probed in solution using the SHAPE protocol. More specifically, the secondary structures of eleven species for which the genus was previously known were initially elucidated. At this point, considering all of the SHAPE elucidated secondary structures, a classification system for viroids in their respective genera was proposed. On the basis of the structural classification reported here, the probings of both the Grapevine latent viroid and the Dahlia latent viroid provide sound arguments for the determination of their respective genera, which appear to be Apscaviroid and Hostuviroid, respectively. More importantly, this study provides the complete repertoire of the secondary structures, mapped in solution, of all of the accepted viroid species reported thus far. In addition, a classification scheme based on structural hallmarks, an important tool for many biological studies, is proposed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».