Integrative Genomic Analysis of Cholangiocarcinoma Identifies Distinct IDH-Mutant Molecular Profiles
Notice bibliographique
Résumé
(Cell Reports 18, 2780–2794; March 14, 2017) In the originally published version of this article, the sample names in Figure 5D were incorrectly ordered during assembly of the heatmap. The sample order has now been corrected online, and the corrected figure appears below. The authors regret this error. Also, due to a misunderstanding prior to publication, the TCGA network authors were not properly indexed in PubMed. This has now been corrected online.Figure 5ARID1A Is Hypermethylated and Has Low Expression in the IDH COCA (original)View Large Image Figure ViewerDownload Hi-res image Download (PPT) Integrative Genomic Analysis of Cholangiocarcinoma Identifies Distinct IDH-Mutant Molecular ProfilesFarshidfar et al.Cell ReportsMarch 14, 2017In BriefFarshidfar et al. present The Cancer Genome Atlas (TCGA) marker analysis of cholangiocarcinoma. Through multi-platform analyses, they identify a distinct subtype enriched for IDH mutants. This subtype shows increased mitochondrial and decreased chromatin modifier gene expression, including potential epigenetic silencing of ARID1A. Other IDH-mutant liver cancers molecularly resemble cholangiocarcinoma. Full-Text PDF Open Access
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».