129 Maternal plane of nutrition during mid-gestation affects the skeletal muscle transcriptome in beef cattle progeny
Notice bibliographique
Résumé
The objective was to determine the effect of maternal nutrition management during mid-gestation on the skeletal muscle transcriptome in progeny using 3 dietary treatments. Spring-calving, multiparous cows (n = 25) were limit-fed a common diet at three levels of intake to achieve 70% NRC requirement (70%REQ; 5.2 kg DMI), 100% NRC energy and protein requirements (REQ; 7.4 kg DMI), and 130% NRC requirements (130%REQ; 9.7 kg DMI). Diet composition included soy hulls, corn silage, and alfalfa haylage. Treatment diets were fed during mid-gestation (d 88 to 171 of gestation), and a common diet formulated to meet 100% NRC requirements was fed during the remainder of gestation. After calving, all cows and calves were managed similarly as a single contemporary group. Longissimus muscle biopsies were taken on 99 and 392 d of age. Extracted RNA was used in paired-end RNA sequencing on the Illumina HiSeq 2500 platform to analyze the transcriptome at d 99 and 392. Transcriptomic data were mapped to the UMD3.1.1 bovine reference genome and analyzed using a mixed model approach within the R-package limma. Over 7,000 expressed genes were included in weighted gene co-expression network analysis (WGCNA), which clustered genes into 11 modules including 4 that correlated to phenotypic measures. The largest module included over 2,000 co-expressed genes and was downregulated (P < 0.01) in progeny born to 130%REQ-fed compared with REQ-fed dams. The Dynamic Impact Approach annotated genes within this module to KEGG pathways. The pathways most impacted by maternal plane of nutrition were mainly lipid-associated including steroid and steroid hormone biosynthesis, sulfur metabolism, retinol metabolism, ketone synthesis and degradation, fat digestion and absorption, and PPAR signaling pathways. Module 7 (342 genes) was correlated positively with Warner-Bratzler shear force and negatively with marbling score. Major pathways in module 7 centered on glycolysis/gluconeogenesis, energy metabolism, and calcium signaling. These genes and associated pathways support increased glycolytic muscle fibers (type 2x) in progeny born to 130%REQ-fed compared with 70%REQ-fed dams. Results indicate the skeletal muscle transcriptome and associated metabolic functions prior to slaughter are affected by mid-gestation maternal plane of nutrition and may be regulated by epigenetic factors.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».