Notice bibliographique
Résumé
Abstract Motivation The Matlab programming language is widely used for both teaching and research in engineering, computer science, and mathematics. Despite its many strengths, it has never been a dominant language in computational genomics or bioinformatics more generally. Results Here, we introduce COGEM, a long-term project to develop computational genomics functionality in Matlab. The initial release provides functions for manipulating genomic intervals, stranded or unstranded, with or without numerical data associated. It includes features for both text and binary file input and output, conversion between BAM, BED and BEDGRAPH formats, and numerous functions for manipulating intervals, including shifting, expanding, overlapping, intersecting, unioning, finding nearest intervals, piling up intervals, and performing unary and binary numerical and logical operations on sets of intervals. The toolbox is well-suited to the analysis of high-throughput sequencing data. We demonstrate its functionality by creating a ChIP-seq peak-calling algorithm by chaining together a series of commands, and find it capable of analyzing genome-scale data in reasonable time. Availability The current toolbox and reference manual is available as supplementary material, and updated versions will be maintained at www.perkinslab.ca online.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,012 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,083 | 0,061 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».