PhageTerm: a tool for fast and accurate determination of phage termini and packaging mechanism using next-generation sequencing data

2017· article· en· 692 citations· W2745133479 sur OpenAlex· 10.1038/s41598-017-07910-5

Pourquoi ce travail est-il dans la base ?

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

Affiliation canadienneUne personne signataire a déclaré un établissement canadien. C'est la seule voie dont dispose la base habituelle.

Organisme subventionnaire canadienUn organisme canadien l'a financé. Le travail peut ne porter aucune affiliation canadienne.

Prédiction distillée sur la base complète

Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

Catégories candidates: aucune
Catégories consensuelles: aucune
Domaine: Signal candidat: aucuneSignal consensuel: aucune
Devis d'étude: Signal candidat: Expérimental (laboratoire)Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
Genre: Signal candidat: EmpiriqueSignal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants: 0,225
Score d'incertitude au seuil: 0,830
Statut de validation: machine_predicted_unvalidated · codex-gemma-dda1882f352a

Scores Codex et Gemma par catégorie

Catégorie	Codex	Gemma
Métarecherche	0,001	0,000
Méta-épidémiologie (sens strict)	0,000	0,000
Méta-épidémiologie (sens large)	0,000	0,000
Bibliométrie	0,000	0,000
Études des sciences et des technologies	0,001	0,000
Communication savante	0,001	0,002
Science ouverte	0,000	0,000
Intégrité de la recherche	0,000	0,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)	0,000	0,000

Scores machine (provisoires)

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Tête enseignante Opus0,133

Tête enseignante GPT0,328

Écart entre enseignants: 0,195 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validation: score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Résumé

The worrying rise of antibiotic resistance in pathogenic bacteria is leading to a renewed interest in bacteriophages as a treatment option. Novel sequencing technologies enable description of an increasing number of phage genomes, a critical piece of information to understand their life cycle, phage-host interactions, and evolution. In this work, we demonstrate how it is possible to recover more information from sequencing data than just the phage genome. We developed a theoretical and statistical framework to determine DNA termini and phage packaging mechanisms using NGS data. Our method relies on the detection of biases in the number of reads, which are observable at natural DNA termini compared with the rest of the phage genome. We implemented our method with the creation of the software PhageTerm and validated it using a set of phages with well-established packaging mechanisms representative of the termini diversity, i.e. 5'cos (Lambda), 3'cos (HK97), pac (P1), headful without a pac site (T4), DTR (T7) and host fragment (Mu). In addition, we determined the termini of nine Clostridium difficile phages and six phages whose sequences were retrieved from the Sequence Read Archive. PhageTerm is freely available (https://sourceforge.net/projects/phageterm), as a Galaxy ToolShed and on a Galaxy-based server (https://galaxy.pasteur.fr).

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

La notice

Revue: Scientific Reports
Thématique: Bacteriophages and microbial interactions
Domaine: Environmental Science
Établissements canadiens: Université de Sherbrooke
Organismes subventionnaires: Natural Sciences and Engineering Research Council of CanadaAgence Nationale de la Recherche
Mots-clés: GenomeDNA sequencingComputational biologyBacteriophageDNABiologyGeneticsWhole genome sequencingSoftwareComputer scienceGeneEscherichia coliProgramming language
Résumé présent dans OpenAlex: oui
API: /api/v1/works/W2745133479