MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2746464141 · doi:10.26502/acbr.50170022

Identification and characterization of NAGLU mutations in a Sanfilippo B syndrome patient with a novel genotype (p.Y140C/p.R297X)

2017· article· en· W2746464141 sur OpenAlexaff
Chloe Christensen, Rhea E. Ashmead, Francis Y.M. Choy

Notice bibliographique

RevueArchives of Clinical and Biomedical Research · 2017
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueLysosomal Storage Disorders Research
Établissements canadiensUniversity of Victoria
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésMissense mutationGenotypeNonsense mutationCompound heterozygosityMutationBiologyGeneticsMedicineGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Background: Sanfilippo B syndrome, or mucopolysaccharidosis type IIIB (MPS IIIB), is a rare lysosomal storage disorder resulting from mutations in NAGLU, which encodes for the enzyme α-Nacetylglucosaminidase (NAGLU). Patients afflicted with this disease experience mild somatic disease symptoms, but severe and ultimately lethal neurodegeneration. Patients often succumb to their symptoms in the first two decades of life. Sanfilippo B syndrome is a molecular heterogeneous disorder, in which nonsense and missense mutations frequently result in a genetic compound genotype, leading to the disease phenotype. Case Report: We report a novel compound heterozygous genotype (p.Y140C/p.R297X) in a Sanfilippo B patient. The level of NAGLU activity assayed from cultured skin fibroblasts was 0.6% of normal, confirming the biochemical diagnosis of Sanfilippo B syndrome. Immunoblot analysis using an anti- NAGLU antibody showed that the amount of NAGLU protein present was about 50% of normal. Conclusion: We have identified a novel genotype p.Y140C/p.R297X in a patient with Sanfilippo B syndrome that results in near zero NAGLU enzyme activity. We postulate that the nonsense mutation p.R297X produces either an unstable mRNA transcript or truncated protein that is rapidly degraded, whereas the missense mutation p.Y140C results in a stable but catalytically defective enzyme with near zero residual NAGLU activity. We conclude that the p.Y140C/p.R297X genotype is likely to result in a poor prognosis due to a detrimental biochemical phenotype.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Étude de cas · Signal consensuel: Étude de cas
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0020,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,093
Tête enseignante GPT0,433
Écart entre enseignants0,340 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeÉtude de cas
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2017
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueArchives of Clinical and Biomedical ResearchMême sujetLysosomal Storage Disorders ResearchTravaux en français237 207