Codon Usage Bias of the Wheat Flower Development Gene WAG-2 and Other AGAMOUS Group Genes
Notice bibliographique
Résumé
Analyzing codon usage bias of WAG-2 gene in wheat three-pistil (TP) mutant may provide a basis for selecting the appropriate host expression systems to improve the expression of target genes. In the present study, we analyzed the codon bias of the complete coding sequence (CDS) of the WAG-2 gene in TP using Codon W program, and compared the results with AGAMOUS (AG) group genes of other plant species. Results showed that the WAG-2 gene in TP and other monocot AG group genes preferably used codons ending with G/C bases, but Arabidopsis thaliana, Nicotiana tabacum, and other dicot crops were biased toward the synonymous codons with A/T. The clustering results based on codon bias were consistent with those based on CDS of the AG group genes, indicating that the difference in codon preference of AG group genes sequences was closely associated with the genetic relationship of the species. The Euclidean distance coefficients of WAG-2 with A. thaliana and N. tabacum were 9.255 and 5.730, respectively, indicating that N. tabacum may be more suitable for the expression of WAG-2. There were 37 codons showing distinct usage differences between WAG-2 and genome of yeast, 23 between WAG-2 and Escherichia coli. Therefore, the E. coli was the superior protein expression system. These results may improve our understanding of codon usage bias and functional studies of WAG-2.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».