A2 HIV transmission networks among injection drug users in Pakistan
Notice bibliographique
Résumé
Pakistan is currently facing a concentrated HIV epidemic among injection drug users (IDUs). Well-defined transmission networks, based on molecular epidemiology, have the potential to assist in the development of targeted screening and prevention strategies as well as identify hidden epidemic drivers. Here we present molecular transmission networks re-constructed from HIV-1 pol sequences collected from injection drug users located in major urban centres in Pakistan. Dried blood spots (DBS) were collected on Whatman 903 cards from IDUs in Karachi (n = 300), Hyderabad (n = 300), and Peshawar (n = 257). Nucleic acids were extracted using an easyMAG instrument. Protease and part of the reverse transcriptase genes were amplified and sequenced using an in-house HIV genotyping assay. Transmission networks were re-constructed using publicly available bioinformatics software. Most of the HIV pol sequences (75%) from 96 individuals formed connected nodes arranged in 7 clusters, ranging in size from 3 to 33 individuals. Clusters were mainly homogeneous, in which 87 inferred transmission events (90.6%) occurred within a particular city. A small number (9.4%) of transmission events occurred between cities. The highest number of inter-city transmission events (7.3%) occurred between Karachi and Hyderabad while only 2 (2.1%) occurred between Karachi and Peshawar. Transmission events were not observed between Hyderabad and Peshawar. The majority of sequences analyzed formed localized transmission networks partitioned according to city of collection, although some inter-city linkages are apparent. Reconstruction of transmission networks based on sequencing-based approaches has the potential to expand our understanding of the HIV epidemic currently taking place in Pakistan especially if used in combination with epidemiological data. Particular attention maybe warranted for Karachi since transmission linkages were observed with all the other cities included in this study.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».