A mechanism of cohesin‐dependent loop extrusion organizes zygotic genome architecture

2017· article· en· 409 citations· W2747643030 sur OpenAlex· 10.15252/embj.201798083

Pourquoi ce travail est-il dans la base ?

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

Organisme subventionnaire canadienUn organisme canadien l'a financé. Le travail peut ne porter aucune affiliation canadienne.

Aucune affiliation canadienne. Une base fondée sur la seule affiliation (le devis habituel) n'aurait jamais vu ce travail. C'est l'un des travaux qui justifient l'inversion de la base.

Scores machine (provisoires)

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Tête enseignante Opus0,008

Tête enseignante GPT0,222

Écart entre enseignants: 0,214 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validation: score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Résumé

Fertilization triggers assembly of higher-order chromatin structure from a condensed maternal and a naïve paternal genome to generate a totipotent embryo. Chromatin loops and domains have been detected in mouse zygotes by single-nucleus Hi-C (snHi-C), but not bulk Hi-C. It is therefore unclear when and how embryonic chromatin conformations are assembled. Here, we investigated whether a mechanism of cohesin-dependent loop extrusion generates higher-order chromatin structures within the one-cell embryo. Using snHi-C of mouse knockout embryos, we demonstrate that the zygotic genome folds into loops and domains that critically depend on Scc1-cohesin and that are regulated in size and linear density by Wapl. Remarkably, we discovered distinct effects on maternal and paternal chromatin loop sizes, likely reflecting differences in loop extrusion dynamics and epigenetic reprogramming. Dynamic polymer models of chromosomes reproduce changes in snHi-C, suggesting a mechanism where cohesin locally compacts chromatin by active loop extrusion, whose processivity is controlled by Wapl. Our simulations and experimental data provide evidence that cohesin-dependent loop extrusion organizes mammalian genomes over multiple scales from the one-cell embryo onward.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

La notice

Revue: The EMBO Journal
Thématique: Genomics and Chromatin Dynamics
Domaine: Biochemistry, Genetics and Molecular Biology
Établissements canadiens: —
Organismes subventionnaires: National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaAustrian Science FundDarwin Trust of EdinburghNational Institute of General Medical SciencesMedical Research CouncilÖsterreichischen Akademie der WissenschaftenWellcome TrustEuropean Research CouncilNational Institutes of HealthNational Science Foundation
Mots-clés: CohesinChromatinBiologyZygoteProcessivityCell biologyGeneticsGenomeMaternal to zygotic transitionEpigeneticsEmbryoCTCFDNADNA replicationEnhancerEmbryogenesisGeneGene expression
Résumé présent dans OpenAlex: oui
API: /api/v1/works/W2747643030