Deciphering Single Nucleotide Polymorphisms and Evolutionary Trends in Isolates of the Cydia pomonella granulovirus
Notice bibliographique
Résumé
Six complete genome sequences of Cydia pomonella granulovirus (CpGV) isolates from Mexico (CpGV-M and CpGV-M1), England (CpGV-E2), Iran (CpGV-I07 and CpGV-I12), and Canada (CpGV-S) were aligned and analyzed for genetic diversity and evolutionary processes. The selected CpGV isolates represented recently identified phylogenetic lineages of CpGV, namely, the genome groups A to E. The genomes ranged from 120,816 bp to 124,269 bp. Several common differences between CpGV-M, -E2, -I07, -I12 and -S to CpGV-M1, the first sequenced and published CpGV isolate, were highlighted. Phylogenetic analysis based on the aligned genome sequences grouped CpGV-M and CpGV-I12 as the most derived lineages, followed by CpGV-E2, CpGV-S and CpGV-I07, which represent the most basal lineages. All of the genomes shared a high degree of co-linearity, with a common setup of 137 (CpGV-I07) to 142 (CpGV-M and -I12) open reading frames with no translocations. An overall trend of increasing genome size and a decrease in GC content was observed, from the most basal lineage (CpGV-I07) to the most derived (CpGV-I12). A total number of 788 positions of single nucleotide polymorphisms (SNPs) were determined and used to create a genome-wide SNP map of CpGV. Of the total amount of SNPs, 534 positions were specific for exactly one of either isolate CpGV-M, -E2, -I07, -I12 or -S, which allowed the SNP-based detection and identification of all known CpGV isolates.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».