ISDN2014_0418: DNA methylation changes in fetal alcohol spectrum disorder
Notice bibliographique
Résumé
Prenatal alcohol exposure is a major, preventable cause of behavioural and cognitive deficits in children. Despite extensive research, a unique neurobehavioural profile for children affected by prenatal alcohol exposure remains elusive. The NeuroDevNet Fetal Alcohol Spectrum Disorder (FASD) project is investigating how genetic and environmental factors interact with gestational alcohol exposure to produce neurobehavioural and neurobiological deficits in children. To investigate differences in DNA methylation between FASD cases and controls and gain understanding in the molecular mechanisms underlying brain function. The epigenetics cohort included 214 children from 5 to 18 years of age (112 FASD:102 Control). DNA methylation was assessed using the Illumina HumanMethylation450 array on DNA extracted from buccal swabs. Each child also completed an extensive battery of psychometric tests, neuroimaging, and novel eye tracking assessments. We identified 1661 differentially methylated probes. After correcting for confounding effects of genetic background we were left with 658 significantly differentially methylated probes that were further investigated for biological significance. Five of these probes were selected for verification with pyrosequencing and confirmed our results. Enrichment analyses using the genes up-methylated in FASD show a significant enrichment in genes associated with neurodevelopmental processes and diseases. This finding could reflect the fact that these genes are generally involved in brain development and affected in FASD cases.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,014 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».