Lysis Centrifugation Method for the Direct Identification of Positive Blood Cultures Using MALDI-TOF MS
Notice bibliographique
Résumé
Matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) bacterial identification has revolutionized clinical microbiology. Typically, bacteria must be first cultured prior to identification; however, several techniques have emerged that allow the identification of bacteria directly from certain specimen types, including blood cultures. The aim of this study was to compare a direct MALDI-TOF MS identification technique of positive blood cultures with those having at least 4–6 hours of sufficient growth Only blood cultures flagged overnight as positive by the BD Bactec® were included for study. A one ml aliquot was drawn and immediately processed using a lysis centrifugation technique and analyzed using MALDI-TOF (bioMérieux). Positive blood culture samples were also sub-cultured onto agar plates as per standard laboratory practice, incubated for 4–6 hours and if sufficient growth was present, processed using MALDI-TOF. Cultures with insufficient growth are incubated overnight. Direct identifications were compared with those where sufficient growth was achieved Between June 2015 to February 2016, 300 positive blood cultures were included for study. Of these there were 156 Gram-positive cocci, 112 Gram-negative bacilli, 15 anaerobic organisms, 11 Gram-positive bacilli and 6 yeast. Using a confidence threshold of 99.9%, 69% of all organisms were correctly identified using the direct identification method. The identification of any organism with a confidence threshold <99.9% was not accepted. Approximately 81% of Gram-negative bacilli were correctly identified compared with 64% of Gram-positive cocci 36% of Gram-positive bacilli. The lysis-centrifugation direct identification method is a relatively inexpensive ($1.00) and rapid technique that will allow clinicians to receive the identification of organisms from approximately 70% of bacteremic patients 6 to 24 hours early than waiting for sufficient growth. This should allow clinicians to make better informed empiric antimicrobial choices to manage their patients. All authors: No reported disclosures.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».