Preliminary insights into the occurrence of similar clones of extended‐spectrum beta‐lactamase‐producing bacteria in humans, animals and the environment in Tanzania: A systematic review and meta‐analysis between 2005 and 2016
Notice bibliographique
Résumé
Summary The emergence and spread of extended‐spectrum beta‐lactamase producing Enterobacteriaceae (ESBL‐PE) are complex and of the public health concern across the globe. This review aimed at assessing the ESBL‐PE clones circulating in humans, animals and the environment to provide evidence‐based insights for combating ESBL‐PE using One Health approach. Systematic search from Medline/PubMed, Google Scholar and African Journals Online was carried out and retrieved nine eligible articles (of 131) based on phenotypic and genotypic detection of ESBL‐PE between 2005 and 2016 in Tanzania. Analysis was performed using STATA 11.0 software to delineate the prevalence of ESBL‐PE, phenotypic resistance profiles and clones circulating in the three interfaces. The overall prevalence of ESBL‐PE in the three interfaces was 22.6% (95% CI: 21.1–24.2) with the predominance of Escherichia coli (E. coli) strains (51.6%). The majority of ESBL‐PE were resistant to the commonly used antimicrobials such as trimethoprim–sulfamethoxazole and tetracycline/doxycycline, 38%–55% were resistant to ciprofloxacin and all were sensitive to meropenem/imipenem. ESBL‐PE infections were more associated with deaths compared to non‐ESBL‐PE infections. Strikingly, E. coli ST38, ST131 and ST2852 were found to intersect variably across the three interfaces. The predominant allele, blaCTX‐M‐15, was found mostly in the conjugative IncF plasmids connoting transmission potential. The high prevalence of ESBL‐PE and shared clones across the three interfaces, including the global E. coli ST131 clone, indicates wide and inter‐compartmental spread that calls for One Health genomic‐driven studies to track the resistome flow.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,011 | 0,026 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,009 | 0,021 |
| Bibliométrie | 0,010 | 0,010 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».