Prevalence and clinical impacts of HIV-1 intersubtype recombinants in Uganda revealed by near-full-genome population and deep sequencing approaches
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVES: HIV-1 subtypes A1 and D cocirculate in a rural community in Mbarara, Uganda. This study examines HIV-1 intersubtype recombination in this community under a full-genome sequencing context. We aim to estimate prevalence, examine time trends, and test for clinical correlates and outcomes associated with intersubtype recombinants. METHODS: Near-full-genome HIV-1 Sanger sequence data were collected from plasma samples of 504 treatment-naïve individuals, who then received protease inhibitor or nonnucleoside reverse transcriptase inhibitor-containing regimens and were monitored for up to 7.5 years. Subtypes were inferred by Los Alamos Recombinant Identification Program (RIP) 3.0 and compared with Sanger/REGA and MiSeq/RIP. 'Nonrecombinants' and 'recombinants' infections were compared in terms of pretherapy viral load, CD4 cell count, posttherapy time to virologic suppression, virologic rebound, first CD4 rise above baseline and sustained CD4 recovery. RESULTS: Prevalence of intersubtype recombinants varied depending on the genomic region examined: gag (15%), prrt (11%), int (8%), vif (10%), vpr (2%), vpu (9%), GP120 (8%), GP41 (18%), and nef (4%). Of the 200 patients with near-full-genome data, prevalence of intersubtype recombination was 46%; the most frequently observed recombinant was A1-D (25%). Sanger/REGA and MiSeq/RIP yielded generally consistent results. Phylogenetic tree revealed most recombinants did not share common ancestors. No temporal trend was observed (all P > 0.1). Subsequent subtype switches were detected in 27 of 143 (19%) study participants with follow-up sequences. Nonrecombinant versus recombinants infections were not significantly different in any pre nor posttherapy clinical correlates examined (all P > 0.2). CONCLUSION: Intersubtype recombination was highly prevalent (46%) in Uganda if the entire HIV genome was considered, but was neither associated with clinical correlates nor therapy outcomes.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».