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Enregistrement W2750569114 · doi:10.1098/rstb.2016.0280

Reading chromatin signatures after DNA double-strand breaks

2017· review· en· W2750569114 sur OpenAlexafffund
Marcus D. Wilson, Daniel Durocher

Notice bibliographique

RevuePhilosophical Transactions of the Royal Society B Biological Sciences · 2017
Typereview
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueDNA Repair Mechanisms
Établissements canadiensLunenfeld-Tanenbaum Research InstituteUniversity of TorontoMount Sinai Hospital
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchKrembil FoundationHuman Frontier Science Program
Mots-clésChromatinHistoneNucleosomeBiologyCell biologyDNADNA repairDNA damageSignallingChromatin remodelingComputational biologyGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

DNA double-strand breaks (DSBs) are DNA lesions that must be accurately repaired in order to preserve genomic integrity and cellular viability. The response to DSBs reshapes the local chromatin environment and is largely orchestrated by the deposition, removal and detection of a complex set of chromatin-associated post-translational modifications. In particular, the nucleosome acts as a central signalling hub and landing platform in this process by organizing the recruitment of repair and signalling factors, while at the same time coordinating repair with other DNA-based cellular processes. While current research has provided a descriptive overview of which histone marks affect DSB repair, we are only beginning to understand how these marks are interpreted to foster an efficient DSB response. Here we review how the modified chromatin surrounding DSBs is read, with a focus on the insights gleaned from structural and biochemical studies.This article is part of the themed issue 'Chromatin modifiers and remodellers in DNA repair and signalling'.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Autre devis · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,962
Score d'incertitude au seuil0,991

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,002
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0010,002
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0020,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,083
Tête enseignante GPT0,339
Écart entre enseignants0,256 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeAutre devis
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations60
Publié2017
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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