Comprehensive Cataloging and Analysis of Alternative Splicing in Maize
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Gene expression is a key step in developmental regulation and responses in changing environments in plants. Alternative splicing (AS) is a process generating multiple RNA isoforms from a single gene pre-mRNA transcript that increases the diversity of functional proteins and RNAs. Identification and analysis of alternatively splicing events are critical for crop improvement and understanding regulatory mechanisms. In maize large numbers of transcripts generated by RNA-seq technology are available, we incorporated these data with data assembled with ESTs and mRNAs to comprehensively catalog all genes having pre-mRNAs undergoing AS. A total of 192 624 AS events were detected and classified, including 103 566 (53.8%) basic events and 89 058 (46.2%) complex events which were formed by combination of various types of basic events. Intron retention was the dominant type of basic AS event, accounting for 24.1%. These AS events were identified from 91 128 transcripts which were generated from 26 669 genomic loci, of which consisted of 20 860 gene models. It was estimated that 55.3% maize genes may be subjected to AS. The transcripts mapping information can be used to improve the predicted gene models in maize. The data can be accessed at Plant Alternative Splicing Database (http://proteomics.ysu.edu/altsplice/).
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle