Limitations of Qdot labelling compared to directly-conjugated probes for single particle tracking of B cell receptor mobility
Notice bibliographique
Résumé
Single-particle tracking (SPT) is a powerful method for exploring single-molecule dynamics in living cells with nanoscale spatiotemporal resolution. Photostability and bright fluorescence make quantum dots (Qdots) a popular choice for SPT. However, their large size could potentially alter the mobility of the molecule of interest. To test this, we labelled B cell receptors on the surface of B-lymphocytes with monovalent Fab fragments of antibodies that were either linked to Qdots via streptavidin or directly conjugated to the small organic fluorophore Cy3. Imaging of receptor mobility by total internal reflection fluorescence microscopy (TIRFM), followed by quantitative single-molecule diffusion and confinement analysis, definitively showed that Qdots sterically hinder lateral mobility regardless of the substrate to which the cells were adhered. Qdot labelling also drastically altered the frequency with which receptors transitioned between apparent slow- and fast-moving states and reduced the size of apparent confinement zones. Although we show that Qdot-labelled probes can detect large differences in receptor mobility, they fail to resolve subtle differences in lateral diffusion that are readily detectable using Cy3-labelled Fabs. Our findings highlight the utility and limitations of using Qdots for TIRFM and wide-field-based SPT, and have significant implications for interpreting SPT data.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,013 | 0,017 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».