Self-biotinylation of DNA G-quadruplexes via intrinsic peroxidase activity
Notice bibliographique
Résumé
The striking and ubiquitous in vitro affinity between hemin and DNA/RNA G-quadruplexes raises the intriguing possibility of its relevance to biology. To date, no satisfactory experimental framework has been reported for investigating such a possibility. Complexation by G-quadruplexes leads to activation of the bound hemin toward catalysis of 1- and 2-electron oxidative reactions, with phenolic compounds being particularly outstanding substrates. We report here a strategy for exploiting that intrinsic peroxidase activity of hemin•G-quadruplex complexes for self-biotinylation of their G-quadruplex component. Such self-biotinylation occurs with good efficiency and high discrimination in vitro, being specific for G-quadruplexes and not for duplexes. The biotinylated DNA, moreover, remains amenable to polymerase chain reaction amplification, rendering it suitable for analysis by ChIP-Seq and related methods. We anticipate that this self-biotinylation methodology will also serve as a sensitive tool, orthogonal to existing ones, for identifying, labeling and pulling down cellular RNA and DNA G-quadruplexes in general, as well as proteins bound to or proximal to such quadruplexes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».