Abstract 14489: Identification of Resident Cardiac Cell-type Enriched Proteomes Reveals Novel Cardiac Fibroblast Markers in Myocardial Infarct Zones
Notice bibliographique
Résumé
Introduction: The heart is composed of multiple constituent cell types with the most abundant cells being cardiomyocytes (CM), fibroblasts (FB), endothelial (EC) and smooth muscle (SMC) cells. Cardiac large scale studies often compare healthy and diseased tissues, losing some of the cellular origin of these (mal)adaptive changes. Thus, studies are limited by lack of knowledge of the complete protein complement of individual cell types. Methods: We employed sub-fractionation methods to attain cellular fractions from 2-3 week cultured human cardiac FB, cardiac muscle-derived CM, coronary artery EC, and coronary artery SMC. Peptides were analyzed via 9-cycle MuDPIT analysis. Protein abundance was calculated with spectral counting. Protein expression was assessed using human cardiac tissue staining in the Human Protein Atlas (HPA). FB-enriched proteins were further evaluated in a mouse model of myocardial infarction (MI) through immunofluorescence (IF) imaging. Results: Shotgun proteomics identified a total of 2320 FB, 2310 CM, 2247 EC, and 2209 SMC proteins and 2853 proteins overall. Statistical analysis identified 367 FB-enriched, 97 CM-enriched, 340 EC-enriched, and 52 SMC-enriched proteins. We investigated the functional annotations of our enriched datasets via Gene Set Enrichment Analysis. We rank ordered cell-specific enrichment of proteins via magnitude and significance of enrichment. For several of the highly ranked cell type-enriched proteins, we assessed HPA to identify supportive of our protein candidates. We then mapped candidates to an independent proteome dataset of hypertrophic cardiomyopathy (HCM) to elucidate each resident cell’s contributions to the proteome changes of HCM. With FB enrichment data being the most pronounced, we then validated expression of multiple highly-ranked candidates (GRB2, AKR1B1, and PRDX1) in MI tissue sections. Staining showed higher expression in the highly fibrotic infarct scar of 4-week post-MI relative to border and non-infarct regions, confirming the cellular phenotype of our candidates. Conclusion: Our study has provided the most complete proteomic analysis of specific human cardiac cell types. Potential cell-type markers have been validated by HPA as well as our own IF imaging of MI.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».