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Enregistrement W2751187578 · doi:10.1016/j.ccell.2017.08.017

Integrated Molecular Meta-Analysis of 1,000 Pediatric High-Grade and Diffuse Intrinsic Pontine Glioma

2017· review· en· W2751187578 sur OpenAlexaff
Alan Mackay, Anna Burford, Diana Carvalho, Elisa Izquierdo, Janat Fazal-Salom, Kathryn R. Taylor, Lynn Bjerke, Matthew Clarke, Meera Nandhabalan, Sara Temelso, Sergey Popov, Valeria Molinari, Pichai Raman, Angela J. Waanders, Harry J. Han, Saumya Gupta, Lynley V. Marshall, Stergios Zacharoulis, Sucheta Vaidya, Henry Mandeville, Leslie Bridges, Andrew J. Martin, Safa Al‐Sarraj, Christopher Chandler, Ho‐Keung Ng, Xingang Li, Kun Mu, Saoussen Trabelsi, Dorra H’mida-Ben Brahim, Alexei N. Kisljakov, Д. М. Коновалов, Andrew S. Moore, Ángel M. Carcaboso, Mariona Suñol, Carmen de Torres, Ofelia Cruz, Jaume Mora, Л. И. Шац, João N. Stávale, Lucas Tadeu Bidinotto, Rui Manuel Reis, Natacha Entz‐Werlé, Michael Farrell, Jane Cryan, Darach Crimmins, John Caird, Jane Pears, Michelle Monje, Marie‐Anne Debily, David Castel, Jacques Grill, Cynthia Hawkins, Hamid Nikbakht, Nada Jabado, Suzanne J. Baker, Stefan M. Pfister, David Jones, Maryam Fouladi, André O. von Bueren, Michael Baudis, Adam Resnick, Chris Jones

Notice bibliographique

RevueCancer Cell · 2017
Typereview
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueGlioma Diagnosis and Treatment
Établissements canadiensMcGill UniversityHospital for Sick Children
Organismes subventionnairesNiilo Helanderin SäätiöNational Institute of Neurological Disorders and StrokeCHILDREN with CANCER UKBrain Tumour CharityRosetrees TrustNational Cancer InstituteNational Institutes of HealthCRIS Cancer FoundationCancer Research UKKortney Rose FoundationPediatric Brain Tumor FoundationCure Starts Now FoundationMcKenna Claire Foundation
Mots-clésGliomaHistoneBiologyHistone H3MutantCancer researchGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

We collated data from 157 unpublished cases of pediatric high-grade glioma and diffuse intrinsic pontine glioma and 20 publicly available datasets in an integrated analysis of >1,000 cases. We identified co-segregating mutations in histone-mutant subgroups including loss of FBXW7 in H3.3G34R/V, TOP3A rearrangements in H3.3K27M, and BCOR mutations in H3.1K27M. Histone wild-type subgroups are refined by the presence of key oncogenic events or methylation profiles more closely resembling lower-grade tumors. Genomic aberrations increase with age, highlighting the infant population as biologically and clinically distinct. Uncommon pathway dysregulation is seen in small subsets of tumors, further defining the molecular diversity of the disease, opening up avenues for biological study and providing a basis for functionally defined future treatment stratification.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,003
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,007
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Méta-analyse · Signal consensuel: Méta-analyse
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,005
Score d'incertitude au seuil0,016

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0030,007
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0030,005
Bibliométrie0,0030,006
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,099
Tête enseignante GPT0,357
Écart entre enseignants0,258 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeMéta-analyse
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1 254
Publié2017
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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