Molecular characterization of hepatitis B virus in Vietnam
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Hepatitis B virus (HBV) infection is a major public health problem globally. HBV genotypes and subgenotypes influence disease transmission, progression, and treatment outcome. A study was conducted among treatment naive chronic HBV patients in southern Vietnam to determine the genotypes and subgenotypes of HBV. METHODS: A prospective, exploratory study was conducted among treatment naïve chronic HBV patients attending at the Hospital for Tropical Diseases, in Ho Chi Minh City, Vietnam during 2012, 2014 and 2016. HBV DNA positive samples (systematically selected 2% of all treatment naïve chronic patients during 2012 and 2014, and 8% of all treatment naïve chronic patients during 2016) were subjected to whole genome sequencing (WGS) either by Sanger or Illumina sequencing. WGS was used to define genotype, sub-genotype, recombination, and the prevalence of drug resistance and virulence-associated mutations. RESULTS: One hundred thirty five treatment naïve chronic HBV patients including 18 from 2012, 24 from 2014, and 93 from 2016 were enrolled. Of 135 sequenced viruses, 72.6% and 27.4% were genotypes B and C respectively. Among genotype B isolates, 87.8% and 12.2% were subgenotypes B4 and B2 respectively. A G1896A mutation in the precore gene was present in 30.6% of genotype B isolates. The genotype C isolates were all subgenotype C1 and 78.4% (29/37) of them had at least one basal core promoter (BCP) mutation. A1762T and G1764 T mutations and a double mutation (A1762T and G1764 T) in the BCP region were significantly more frequent in genotype C1 isolates (p < 0.001). CONCLUSION: HBV genotype B including subgenotype B4 is predominant in southern Vietnam. However, one fourth of the chronic HBV infections were caused by subgenotype C1.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».