Blood triglyceride levels are associated with DNA methylation at the serine metabolism gene PHGDH
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Efficient interventions to reduce blood triglycerides are few; newer and more tolerable intervention targets are needed. Understanding the molecular mechanisms underlying blood triglyceride levels variation is key to identifying new therapies. To explore the role of epigenetic mechanisms on triglyceride levels, a blood methylome scan was conducted in 199 individuals from 5 French-Canadian families ascertained on venous thromboembolism, and findings were replicated in 324 French unrelated patients with venous thromboembolism. Genetic context and functional relevance were investigated. Two DNA methylation sites associated with triglyceride levels were identified. The first one, located in the ABCG1 gene, was recently reported, whereas the second one, located in the promoter of the PHGDH gene, is novel. The PHGDH methylation site, cg14476101, was found to be associated with variation in triglyceride levels in a threshold manner: cg14476101 was inversely associated with triglyceride levels only when triglyceride levels were above 1.12 mmol/L (discovery P-value = 8.4 × 10−6; replication P-value = 0.0091). Public databases findings supported a functional role of cg14476101 on PHGDH expression. PHGDH catalyses the first step in the serine biosynthesis pathway. These findings highlight the role of epigenetic regulation of the PHGDH gene in triglyceride metabolism, providing novel insights on putative intervention targets.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».