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Enregistrement W2751912113 · doi:10.1101/041798

Sharing brain mapping statistical results with the neuroimaging data model

2016· article· en· W2751912113 sur OpenAlexaff
Camille Maumet, Tibor Auer, Alexander Bowring, Gang Chen, Samir Das, Guillaume Flandin, Tristan Glatard, Krzysztof J. Gorgolewski, Karl G. Helmer, Mark Jenkinson, David B. Keator, Jean‐Baptiste Poline, Richard C. Reynolds, Vanessa Sochat, Jessica A. Turner, Thomas E. Nichols

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueBiomedical Text Mining and Ontologies
Établissements canadiensMontreal Neurological Institute and Hospital
Organismes subventionnairesMedical Research CouncilNational Institutes of HealthWellcome Trust
Mots-clésNeuroimagingComputer scienceStatistical modelData sharingBrain mappingNeuroscienceData sciencePsychologyArtificial intelligenceMedicinePathology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Only a tiny fraction of the data and metadata produced by an fMRI study is finally conveyed to the community. This lack of transparency not only hinders the reproducibility of neuroimaging results but also impairs future meta-analyses. In this work we introduce NIDM-Results, a format specification providing a machine-readable description of neuroimaging statistical results along with key image data summarising the experiment. NIDM-Results provides a unified representation of mass univariate analyses including a level of detail consistent with available best practices. This standardized representation allows authors to relay methods and results in a platform-independent regularized format that is not tied to a particular neuroimaging software package. Tools are available to export NIDM-Result graphs and associated files from the widely used SPM and FSL software packages, and the NeuroVault repository can import NIDM-Results archives. The specification is publically available at: http://nidm.nidash.org/specs/nidm-results.html .

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,043
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,113
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche, Science ouverte
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: Reproductibilité · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,996
Score d'incertitude au seuil0,225

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0430,113
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0020,002
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,006
Bibliométrie0,0070,005
Études des sciences et des technologies0,0010,002
Communication savante0,0100,007
Science ouverte0,0040,007
Intégrité de la recherche0,0020,004
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0210,013

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,032
Tête enseignante GPT0,251
Écart entre enseignants0,219 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Devis d'étudeSimulation ou modélisation
DomaineReproductibilité
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2016
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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