The <scp>bien r</scp> package: A tool to access the Botanical Information and Ecology Network (BIEN) database
Pourquoi ce travail est-il dans la base ?
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Aucune affiliation canadienne. Une base fondée sur la seule affiliation (le devis habituel) n'aurait jamais vu ce travail. C'est l'un des travaux qui justifient l'inversion de la base.
Scores machine (provisoires)
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
- Écart entre enseignants
- 0,317 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
- Statut de validation
score_only:v0-immature-baseline· tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle
Résumé
Abstract There is an urgent need for large‐scale botanical data to improve our understanding of community assembly, coexistence, biogeography, evolution, and many other fundamental biological processes. Understanding these processes is critical for predicting and handling human‐biodiversity interactions and global change dynamics such as food and energy security, ecosystem services, climate change, and species invasions. The Botanical Information and Ecology Network (BIEN) database comprises an unprecedented wealth of cleaned and standardised botanical data, containing roughly 81 million occurrence records from c . 375,000 species, c . 915,000 trait observations across 28 traits from c . 93,000 species, and co‐occurrence records from 110,000 ecological plots globally, as well as 100,000 range maps and 100 replicated phylogenies (each containing 81,274 species) for New World species. Here, we describe an r package that provides easy access to these data. The bien r package allows users to access the multiple types of data in the BIEN database. Functions in this package query the BIEN database by turning user inputs into optimised PostgreSQL functions. Function names follow a convention designed to make it easy to understand what each function does. We have also developed a protocol for providing customised citations and herbarium acknowledgements for data downloaded through the bien r package. The development of the BIEN database represents a significant achievement in biological data integration, cleaning and standardization. Likewise, the bien r package represents an important tool for open science that makes the BIEN database freely and easily accessible to everyone.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
La notice
- Revue
- Methods in Ecology and Evolution
- Thématique
- Species Distribution and Climate Change
- Domaine
- Environmental Science
- Établissements canadiens
- —
- Organismes subventionnaires
- European Research CouncilAcademy of Natural Sciences of Drexel UniversityBhabha Atomic Research CentreUniversity of CaliforniaUniversity of California, Santa BarbaraMinistry of Business, Innovation and EmploymentAgence Nationale de Sécurité du Médicament et des Produits de SantéCanada Foundation for InnovationAmerican Museum of Natural HistoryCentre International de Mathématiques et Informatique de ToulouseFondation pour la Recherche sur la BiodiversiteCommonwealth Health Research BoardVillum FondenNational Science Foundation
- Mots-clés
- R packageDatabaseEcologyGeographyComputer scienceWorld Wide WebBiology
- Résumé présent dans OpenAlex
- oui