The transcriptional landscape of Rhizoctonia solani AG1-IA during infection of soybean as defined by RNA-seq
Notice bibliographique
Résumé
Rhizoctonia solani Kühn infects most plant families and can cause significant agricultural yield losses worldwide; however, plant resistance to this disease is rare and short-lived, and therefore poorly understood, resulting in the use of chemical pesticides for its control. Understanding the functional responses of this pathogen during host infection can help elucidate the molecular mechanisms that are necessary for successful host invasion. Using the pathosystem model soybean-R. solani anastomosis group AG1-IA, we examined the global transcriptional responses of R. solani during early and late infection stages of soybean by applying an RNA-seq approach. Approximately, 148 million clean paired-end reads, representing 93% of R. solani AG1-IA genes, were obtained from the sequenced libraries. Analysis of R. solani AG1-IA transcripts during soybean invasion revealed that most genes were similarly expressed during early and late infection stages, and only 11% and 15% of the expressed genes were differentially expressed during early and late infection stages, respectively. Analyses of the differentially expressed genes (DEGs) revealed shifts in molecular pathways involved in antibiotics biosynthesis, amino acid and carbohydrate metabolism, as well as pathways involved in antioxidant production. Furthermore, several KEGG pathways were unique to each time point, particularly the up-regulation of genes related to toxin degradation (e.g., nicotinate and nicotinamid metabolism) at onset of necrosis, and those linked to synthesis of anti-microbial compounds and pyridoxine (vitamin B6) biosynthesis 24 h.p.o. of necrosis. These results suggest that particular genes or pathways are required for either invasion or disease development. Overall, this study provides the first insights into R. solani AG1-IA transcriptome responses to soybean invasion providing beneficial information for future targeted control methods of this successful pathogen.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».