Ecophylogenetics Reveals the Evolutionary Associations between Mammals and their Gut Microbiota
Notice bibliographique
Résumé
Abstract A tantalizing hypothesis posits that mammals coevolved with their gut microbiota. Unfortunately, the limited resolution of microbial taxonomy hinders the exploration of this hypothesis and specifically challenges the discovery of gut microbes that are linked to mammalian evolution. To address this, we developed a novel approach that groups microbes into new, more meaningful taxonomic units based on their common ancestry and ecological redundancy. Treating mammalian lineages as different ecosystems, we quantified the distribution of these microbial taxa across mammals. Our analysis discovered monophyletic clades of gut bacteria that are unexpectedly prevalent, or conserved, across all mammals, as well as conserved clades that are exclusive to particular mammalian lineages. These clades often manifest phylogenetic patterns indicating that they are subject to selection. Lineage - specific changes in clade conservation, including a human-accelerated loss of conserved clades, suggest that mammalian evolution associates with a change in the selective regimes that act on gut microbiota. Collectively, these results point to the existence of microbes that possess traits that facilitate their dispersion or survival in the mammalian gut, possibly because they are subject to host selection. Ultimately, our analysis clarifies the relationship between the diversification of the gut microbiome and mammalian evolutionary history.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».