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Enregistrement W2752955499 · doi:10.1101/173831

Genetic Architecture of Subcortical Brain Structures in Over 40,000 Individuals Worldwide

2017· preprint· en· W2752955499 sur OpenAlexaff
Claudia L. Satizábal, Hieab H.H. Adams, Derrek P. Hibar, Charles C. White, Jason L. Stein, Markus Scholz, Muralidharan Sargurupremraj, Neda Jahanshad, Albert V. Smith, Xueqiu Jian, Michelle Luciano, Edith Hofer, Alexander Teumer, Sven J. van der Lee, Jingyun Yang, Lisa R. Yanek, Tom V. Lee, Shuo Li, Yanhui Hu, Jia Yu Koh, John D. Eicher, Sylvane Desrivières, Alejandro Arias Vásquez, Ganesh Chauhan, Lavinia Athanasiu, Miguel E. Rentería, Sung Eun Kim, D. Höhn, Nicola J. Armstrong, Qiang Chen, Avram J. Holmes, Anouk den Braber, Iwona Kłoszewska, Micael Andersson, Thomas Espeseth, O. Grimm, Lucija Abramovic, Saud Alhusaini, Yuri Milaneschi, Martina Papmeyer, Tomas Axelsson, Stefan Ehrlich, Roberto Roiz‐Santiáñez, Bernd Kraemer, Asta K. Håberg, Hannah Jones, G. Bruce Pike, Dan J. Stein, Allison Stevens, Janita Bralten, Meike W. Vernooij, Tamara B. Harris, Irina Filippi, A. Veronica Witte, Tulio Guadalupe, Katharina Wittfeld, Thomas H. Mosley, James T. Becker, Nhat Trung Doan, Saskia P. Hagenaars, Yasaman Saba, Gabriel Cuéllar-Partida, Najaf Amin, Saima Hilal, Kwangsik Nho, Nazanin Karbalai, Konstantinos Arfanakis, Diane M. Becker, David Ames, Aaron L. Goldman, Phil H. Lee, Dorret I. Boomsma, Simon Lovestone, Sudheer Giddaluru, Stéphanie Le Hellard, Manuel Mattheisen, Marc M. Bohlken, Dalia Kasperavičiūtė, Lianne Schmaal, Stephen M. Lawrie, Ingrid Agartz, Esther Walton, Diana Tordesillas‐Gutiérrez, Gareth E. Davies, Jean Shin, Jonathan Ipser, Louis Vinke, Martine Hoogman, Maria J. Knol, Tianye Jia, Ralph Burkhardt, Marieke Klein, Fabrice Crivello, Deborah Janowitz, Owen Carmichael, Unn K. Haukvik, Benjamin S. Aribisala, Helena Schmidt, Lachlan T. Strike, Ching‐Yu Cheng, Shannon L. Risacher, Benno Pütz, Debra Fleischman, Amelia A. Assareh, Venkata S. Mattay, Randy L. Buckner, Patrizia Mecocci, Anders M. Dale, Sven Cichon, Marco P. Boks, Mar Matarín, Brenda W.J.H. Penninx, M. Mallar Chakravarty, André F. Marquand, Christine Macare, Shahrzad Kharabian Masouleh, Jaap Oosterlaan, Philippe Amouyel, Katrin Hegenscheid, Jerome I. Rotter, Andrew J. Schork, David C. Liewald, Greig I. de Zubicaray, Tien Yin Wong, Li Shen, Philipp G. Sämann, Henry Brodaty, Joshua L. Roffman, Eco J. C. de Geus, Magda Tsolaki, Susanne Erk, Kristel R. van Eijk, Gianpiero L. Cavalleri, Nic JA van der Wee, Andrew M. McIntosh, Randy L. Gollub, Kazima Bulayeva, Manon Bernard, Jennifer S. Richards, Jayandra J. Himali, Markus Loeffler, Nanda Rommelse, Wolfgang Hoffmann, Lars T. Westlye, Maria C. Valdés Hernández, Narelle K. Hansell, Theo G.M. van Erp, Christiane Wolf, John B. Kwok, Bruno Vellas, Andreas Heinz, Loes M. Olde Loohuis, Norman Delanty, Beng‐Choon Ho, Christopher R. K. Ching, Elena Shumskaya, Albert Hofman, Dennis van der Meer, Georg Homuth, Bruce M. Psaty, Mark E. Bastin, Grant W. Montgomery, Tatiana Foroud, Simone Reppermund, Jouke‐Jan Hottenga, Andrew Simmons, Andreas Meyer‐Lindenberg, Wiepke Cahn, Christopher D. Whelan, Marjolein MJ Van Donkelaar, Qiong Yang, Norbert Hosten, Robert C. Green, Anbupalam Thalamuthu, Sebastian Mohnke, Hilleke E. Hulshoff Pol, Honghuang Lin, Clifford R. Jack, Peter R. Schofield, Thomas W. Mühleisen, Pauline Maillard, Steven G. Potkin, Wei Wen, Evan Fletcher, Arthur W. Toga, Oliver Gruber, Matthew J. Huentelman, George Davey Smith, Lenore J. Launer, Lars Nyberg, Erik G. Jönsson, Benedicto Crespo‐Facorro, Nastassja Koen, Douglas N. Greve, André G. Uitterlinden, Daniel R. Weinberger, Vidar M. Steen, Iryna O. Fedko, Nynke A. Groenewold, Wiro J. Niessen, Roberto Toro, Christophe Tzourio, W.T. Longstreth, M. Kamran Ikram, Jordan W. Smoller, Marie‐José van Tol, Jessika E. Sussmann, Tomáš Paus, Hervé Lemaître, Bernard Mazoyer, Ole A. Andreassen, Dick J. Veltman, Jessica A. Turner, Zdenka Pausová, Günter Schumann, Daan van Rooij, Srdjan Djurovic, Ian J. Deary, Katie L. McMahon, Bertram Müller‐Myhsok, Rachel M. Brouwer, Hilkka Soininen, Massimo Pandolfo, Thomas H. Wassink, Joshua W. Cheung, Thomas Wolfers, Jean‐Luc Martinot, Marcel P. Zwiers, Matthias Nauck, Ingrid Melle, Nicholas G. Martin, Ryota Kanai, Eric Westman, René S. Kahn, Sanjay M. Sisodiya, Tonya White, Arvin Saremi, Hans van Bokhoven, Han G. Brunner, Henry Völzke, Margaret J. Wright, Dennis van ‘t Ent, Markus M. Nöthen, Roel A. Ophoff, Jan K. Buitelaar, Guillén Fernández, Perminder S. Sachdev, Marcella Rietschel, Neeltje EM van Haren, Simon E. Fisher, Alexa Beiser, Clyde Francks, Andrew J. Saykin, Karen A. Mather, Nina Romanczuk‐Seiferth, Catharina A. Hartman, Anita L. DeStefano, Dirk J. Heslenfeld, Michael W. Weiner, Henrik Walter, Pieter J. Hoekstra, Paul Nyquist, Barbara Franke, David A. Bennett, Hans J. Grabe, Andrew D. Johnson, Christopher Chen, Cornelia M. van Duijn, Oscar L. Lopez, Myriam Fornage, Joanna A Wardlaw, Reinhold Schmidt, Charles DeCarli, Philip L. De Jager, Arno Villringer, Stéphanie Debette, Vilmundur Guðnason, Sarah E. Medland, Joshua Shulman, Paul M. Thompson, Sudha Seshadri, M. Arfan Ikram

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2017
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetics and Neurodevelopmental Disorders
Établissements canadiensMontreal Neurological Institute and Hospital
Organismes subventionnairesMedical Research Council
Mots-clésNeurosciencePutamenBiologyGenetic architectureNucleus accumbensThalamusPhenotypeGlobus pallidusCandidate geneGeneGenome-wide association studyBrainstemGeneticsBasal gangliaSingle-nucleotide polymorphismCentral nervous system

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Subcortical brain structures are integral to motion, consciousness, emotions, and learning. We identified common genetic variation related to the volumes of nucleus accumbens, amygdala, brainstem, caudate nucleus, globus pallidus, putamen, and thalamus, using genome-wide association analyses in over 40,000 individuals from CHARGE, ENIGMA and the UK-Biobank. We show that variability in subcortical volumes is heritable, and identify 25 significantly associated loci (20 novel). Annotation of these loci utilizing gene expression, methylation, and neuropathological data identified 62 candidate genes implicated in neurodevelopment, synaptic signaling, axonal transport, apoptosis, and susceptibility to neurological disorders. This set of genes is significantly enriched for Drosophila orthologs associated with neurodevelopmental phenotypes, suggesting evolutionarily conserved mechanisms. Our findings uncover novel biology and potential drug targets underlying brain development and disease.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,628
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,009
Tête enseignante GPT0,228
Écart entre enseignants0,219 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations20
Publié2017
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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