Clinical and genomic characterization of metastatic small cell/neuroendocrine prostate cancer (SCNC) and intermediate atypical prostate cancer (IAC): Results from the SU2C/PCF/AACRWest Coast Prostate Cancer Dream Team (WCDT).
Notice bibliographique
Résumé
5019 Background: SCNC and a novel pathologic subtype, IAC, comprise a growing proportion of mCRPC patients resistant to androgen signaling inhibitors such as Abiraterone (Abi) or Enzalutamide (Enz). We sought to characterize these non-adenocarcinoma (adeno) subtypes in a prospective biopsy study. Methods: Eligible mCRPC pts underwent a metastasis biopsy (bx), and were followed for clinical outcomes. Tissue was both frozen and formalin fixed/paraffin embedded (FFPE). Independent review of FFPE specimens was undertaken by 3 pathologists. Frozen specimens underwent laser capture micro-dissection prior to RNA sequencing (seq). Machine learning was used to derive histology-specific expression signatures. Signature accuracy was evaluated with leave-pair-out cross-validation and application to an independent data set. Results: 226 of 300 planned mCRPC pts (74% resistant to Abi and/or Enz) have undergone bx (including 123 bone, 61 node, and 23 liver bx) with a 78% evaluable biopsy rate. Adeno was identified in 39%, non-adeno in 41% (SCNC in 12%, IAC in 29%), with other mixtures in the remaining 20%. Median overall survival (OS) from time of biopsy for pts with non-adeno histologies was 12.8 months (mos) [ IAC OS = 19.1 mos; SCNC OS = 12.8 mos] versus 25.8 mos in adeno pts (p=0.023). RNAseq data are available from 94 bx. Transcriptional signatures were developed which accurately distinguish adeno, SCNC and IAC. IAC appears to have a signature intermediate between adeno and SCNC. When applied to an independent data set (Beltran et al, Ca Disc 2011), these transcriptional signatures identified SCNC with 100% accuracy, and predict for IAC differentiation in a subset of non-SCNC tumors. Conclusions: A majority of CRPC metastases exhibit non-adenocarcinoma features, which are associated with a shortened survival. IAC and SCNC are genomically distinct, and newly derived transcriptional signatures based on these bx can be used to identify SCNC in an independent data set. Integration of whole exome with RNA-seq data are ongoing to identify pathways up-regulated in IAC and SCNC.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».