Elucidation of Mechanisms of Fetal Hemoglobin Regulation by CRISPR/Cas9 Mediated Genome Editing
Notice bibliographique
Résumé
Despite nearly complete understanding of the genetics of the β-hemoglobinopathies for several decades, definitive treatment options have lagged behind. Fetal hemoglobin (HbF) reinduction represents a “silver bullet” for therapy of the β-globin disorders. Recent development of the clustered regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR)/Cas9 nuclease system has allowed for facile manipulation of the genome for the study of genes and genetic elements. Here we developed CRISPR/Cas9-based methodology to reliably engender targeted genomic deletions ranging from 1.3 kilobases to over 1 megabase, which suggested an inverse relationship between deletion size and deletion frequency. Targeted deletion methods and Cas9-mediated in situ saturating mutagenesis were applied to the enhancer of the HbF repressor BCL11A, which revealed discrete vulnerabilities. This finding is consistent with emerging evidence in the field that large enhancers are comprised of constituent parts with some harboring the majority of the activity. The identified “Achilles heel” of the enhancer represents a promising therapeutic target. We further enhanced the resolution of the in situ saturating mutagenesis technique by using multiple Cas9 nucleases and variant-aware library design to identify functional sequences within the HBS1L-MYB intergenic region, a locus associated with elevated HbF levels. These data demonstrate the robustness of CRISPR/Cas9 mediated in situ saturating mutagenesis and targeted deletion to interrogate functional sequence within regulatory DNA. Harnessing the power of genome editing may usher in a second generation form of gene therapy for the β-globin disorders.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».