The Role of Whole Genome Sequencing in Defining Institutional Influenza Outbreaks
Notice bibliographique
Résumé
Influenza outbreaks in long-term care facilities are common and a major source of morbidity and mortality in older adults. The adequacy of the current clinical definition for identifying institutional influenza outbreaks is unclear. We performed a retrospective whole genome sequencing and epidemiologic analysis of institutional influenza outbreaks occurring during 2014–2015 influenza season in Toronto, Canada. Only outbreaks with at least two PCR-positive samples for influenza H3N2 were considered. We sequenced the two earliest submitted pairs of influenza positive samples from 39 reported institutional outbreaks in long-term care facilities. 108 of 147 H3N2 influenza outbreaks occurring during the 2014–2015 season had samples submitted to the provincial public health laboratory. Eighty-seven outbreaks had two or more PCR positive samples, and of these 39 outbreaks with satisfactory samples for genome sequencing were evaluated. Whole genome sequencing revealed that the majority of sample pairs were highly related. Inclusion of community samples demonstrated that outbreak sources were likely community introductions. Pairwise distance analysis using whole genome and HA specific genes allowed identification of thresholds for discrimination of within and between outbreak pairs, with the AUC’s ranging from 92 to 93%. The majority of outbreak pairs falling outside determined thresholds could be identified when within outbreak pairwise distance was greater than pairwise distance to a contemporaneous but separate outbreak sample. Routine whole genome sequencing for defining linked influenza outbreaks in long-term care facilities is unlikely to add significant benefit to the current clinical definition. Sequencing may prove useful for investigating specific sources of outbreak introductions. All authors: No reported disclosures.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,011 | 0,024 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».