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Enregistrement W2753577009 · doi:10.1093/ofid/ofx163.207

Outbreak Investigation of GES-5 Containing Carbapenem-Resistant Enterobacteraceae in a Tertiary Care Hospital

2017· article· en· W2753577009 sur OpenAlexaff
Abdullah Bukhari, Geoffrey Taylor, Rhoda Wiens, Stephanie Smith

Notice bibliographique

RevueOpen Forum Infectious Diseases · 2017
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueAntibiotic Resistance in Bacteria
Établissements canadiensUniversity of Alberta HospitalAlberta Hospital EdmontonUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésMedicineOutbreakTertiary careCarbapenemPathogenic organismEmergency medicineInternal medicineIntensive care medicinePediatricsMicrobiologyVirologyAntibiotics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Nosocomial spread of carbapenem-resistant enterobacteraceae (CRE) is an emerging threat worldwide. A contaminated hospital environment often serves as a source for the spread of resistant genes via health care workers. In this study, we investigate the source of a prolonged but sporadic nosocomial outbreak of a unique blaGES-5 containing CRE and the epidemiological link between cases identified at a large tertiary care hospital from October 2010 through August 2015. Patients were identified as being colonized or infected with a blaGES-5 containing CRE through clinical cultures. After the outbreak was identified, further cases were identified through screening or surveillance cultures. Multiple environmental samples were collected from patients’ rooms in attempt to identify a source. Seven patients were infected or colonized with bacteria harboring the blaGES-5 gene over a 5-year period. A blaGES-5Escherichia coli was isolated from two patients in cardiovascular intensive care (CVICU), Serratia marcescens was isolated from three patients in general systems intensive care (GSICU), and Raoutella planticola was isolated from two patients in CVICU. All patients acquired infection or colonization >2 weeks after hospitalization. Environmental swabs were taken from all rooms where positive patients were identified. Positive results were identified from sink drains in two rooms in CVICU. After increased cleaning, the sink drains from one of the CVICU rooms was persistently culture negative while the drain from the other room remained positive. The sinks were replaced and the new sinks were tested for the presence of blaGES-5 on a monthly basis and were negative for a period of 6 months but then became positive again. This coincided with a shortage of the accelerated hydrogen peroxide gel that was used on a weekly basis. When this product was reintroduced, the sink again became negative. The most likely source of the outbreak was a contaminated sink given the persistence of the growth despite measures being taken to eradicate the bacteria. This highlights the difficulty in eradicating biofilm in hospital water systems. In the absence of eradication, diligence with respect to hand hygiene and ongoing surveillance is of paramount importance. All authors: No reported disclosures.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,008
Score d'incertitude au seuil0,015

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,006
Tête enseignante GPT0,258
Écart entre enseignants0,252 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2017
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