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Enregistrement W2754088524 · doi:10.1093/ofid/ofx163.202

Prevalence of Carbapenemase-Producing Enterobacteriaceae (CPE) in Hospital Drains and Relationship to Patient Isolates in Toronto, Canada

2017· article· en· W2754088524 sur OpenAlexaffabout
Alainna Jamal, Jennie Johnstone, Kevin Katz, Allison McGeer, Matthew Muller, Nadeem Khan, Vita Koren, Angel Li, Aimee Paterson, Renata Carneiro Ferreira Souto, Lin Tang, Cameron Thomas, Wil Ng

Notice bibliographique

RevueOpen Forum Infectious Diseases · 2017
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueAntibiotic Resistance in Bacteria
Établissements canadiensSt Joseph's Health CentreSt. Michael's HospitalMount Sinai HospitalSinai Health SystemNorth York General HospitalMcMaster UniversityUniversity Health NetworkUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésMedicineShowerMeropenemHygieneEmergency medicineOutbreakInfection controlIntensive care unitSurgeryInternal medicineMicrobiologyVirologyBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Hospital water environments are a reservoir for Gram-negative bacterial pathogens, and transmission of CPE from hospital drains to patients has been reported. We assessed the prevalence of hospital drain contamination with CPE and compared drain and patient isolates. Four Toronto acute care hospitals identified all rooms occupied by patients with CPE from 2007 to 2016. Swabs from hand hygiene sink/bathroom sink/bathtub drains in these patient rooms and from communal shower drains were incubated in BHI overnight then subbed to MacConkey with cefpodoxime. Meropenem-resistant Enterobacteriaceae were screened for carbapenemases. Drain and patient isolates were compared by PFGE and WGS. A total of 78 patients with CPE exposed 178 patient rooms and 17 communal shower rooms, resulting in 356 cultured drains; 14 (3.9%) yielded CPE (Table 1). Eight (3.1%) sink, three (4.3%) bathtub, and three (10.0%) communal shower drains yielded CPE. Of the CPE+ drains, five (35.7%) matched the species/gene combination of the CPE patient who occupied the room, five (35.7%) matched the gene only, and four (28.6%) did not match. All matches were to patient occupants from 2014 and later. There were no CPE+ drains at hospital A. At hospital B, KPC-E. cloacae (KPC-EC) from two communal shower drains on one unit were identical/highly related to those from four patients admitted between 2014 and 2016; two of whom had stayed on that unit. At hospital C, the 4 CPE+ drains were in three patient rooms on one unit, with one KPC-EC from a bathtub drain identical to those from two patients admitted in 2014; one of whom had stayed in a different room on that unit. CPE+ drains at hospital D were from seven patient rooms and one communal shower room on five units. Failure to prevent CPE contamination of sinks, even at hospitals where CPE is rare, may result in the establishment of a persistent CPE reservoir within facilities. The risk of transmission to subsequent room occupants merits urgent study. Table 1. All authors: No reported disclosures.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,044
Score d'incertitude au seuil0,102

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0020,003
Études des sciences et des technologies0,0020,001
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,005
Tête enseignante GPT0,249
Écart entre enseignants0,244 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2017
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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