Extra-intestinal Pathogenic Escherichia coli Bloodstream Infections (BSIs) in 2016: Antibiotic Susceptibility Patterns in Calgary, Alberta, Canada
Notice bibliographique
Résumé
Extra-intestinal pathogenic Escherichia coli (ExPEC) is one of the most common causes of BSIs in North America. Studies show that 20–45% of ExPEC are resistant to first line antibiotic therapies, and the frequency of extended spectrum β-lactamases (ESBLs) is increasing. Our surveillance data in Calgary, Alberta, Canada demonstrates a steady increase in the incidence of E.coli BSIs and antibiotic resistance in our population, most markedly since 2007. This study aims to assess our current burden of ExPEC BSIs and the evolving antibiotic resistance patterns. Adult and pediatric blood cultures processed at a centralized laboratory between January 1, 2016 and December 31, 2016 were eligible for inclusion. Patients with blood cultures positive for E.coli were retrospectively identified and antibiotic susceptibility profiles were retrieved using laboratory software. Antibiotic susceptibilities were determined using CLSI breakpoints for Enterobacteriaceae. The presence of ESBLs was confirmed by CLSI disk confirmation testing. There were a total of 748 confirmed sets of positive blood cultures for E.coli. Thirty-six duplicates were removed, for a total of 712 unique patient isolates. Only 298 isolates (41.9%) were susceptible to all antibiotics tested, with the remaining isolates demonstrating variable resistance to all other antibiotic classes including ampicillin (53.7%), amoxicillin-clavulanic acid (7.6%), piperacillin-tazobactam (1.1%), cefazolin (23.9%), ciprofloxacin (27.9%), and trimethoprim-sulfamethoxazole (33.3%). 120 ESBL-producing organisms were identified (16.9%). Of these, many had additional resistance to ciprofloxacin (51.7%), trimethoprim-sulfamethoxazole (55%), and carbapenems (1.7%). ExPEC is a common cause of BSIs in our patient population, and a particularly concerning finding is the presence of multi-drug resistance to cephalosporins, fluoroquinolones, and trimethoprim-sulfamethoxazole in a number of isolates. Detailed epidemiological studies are required to characterize key microbial and clinical factors driving antibiotic resistance of E.coli in our population and will be relevant to clinical practice, informing local guidelines on empiric antibiotic choices. All authors: No reported disclosures.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,007 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».