iGEM Calgary 2014: B.s. Detector, A Multiplexed Rapid Diagnostic Device
Notice bibliographique
Résumé
Febrile diseases such as meningitis, dengue fever, and typhoid fever are symptomatically similar to malaria and are thus often misdiagnosed in developing countries which lack the resources to maintain suitable healthcare infrastructures. Failure to accurately diagnosis such diseases within a patient is of particular concern as misdiagnosis prevents the appropriate treatments from being administered in a timely manner or often at all, which results in unnecessary human suffering and a significant financial burden on the patient’s respective health care system (Mabey, Peeling, Ustianowski, & Perkins, 2004). To address this global healthcare issue, the 2014 Calgary iGEM team (International Genetically Engineered Machine) has engaged with various stakeholders including researchers and end-users in developing countries with the hopes of mitigating the frequency of misdiagnosis. Using synthetic biology, we aim to develop a novel, nucleic acid-based, point-of-care device capable of diagnosing multiple infectious diseases simultaneously. Specifically, we are engineering Bacillus subtilis to generate a chromophoric reporter protein in response to pathogenic genetic markers indicative of said diseases. This engineered strain of B. subtilis will lie dormant as a collection robust bacterial spores in a portable, handheld device until ready to be activated and used. In theory, by sporulating the B. subtilis, we can effectively increase the shelf-life and durability of the device as it is transported to the end-user in the developing world. Our device will use a transcriptionally-regulated genetic circuit, in conjunction with the innate mechanism of homologous recombination found within B. subtilis, to detect and report the presence of multiple species of pathogens within the patient. Using only a minute sample of blood, the final device will enable users to differentiate between diseases based on a colorimetric output. Specialized training or outside resources will not be necessary to use the device and interpret its results. The strength of this diagnostic method lies in its modularity and high level of customization. Ultimately, our system is a platform technology which can be adapted to detect a wide variety pathogens by modifying the genetic markers to which our engineered B. subtilis binds to.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».