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Enregistrement W2754777944 · doi:10.3899/jrheum.170041

Cryopyrin-associated Periodic Syndromes in Italian Patients: Evaluation of the Rate of Somatic NLRP3 Mosaicism and Phenotypic Characterization

2017· article· en· W2754777944 sur OpenAlexvenueno aff
Denise Lasigliè, Anna Mensa‐Vilaró, Denise Ferrera, Roberta Caorsi, Federica Penco, Giuseppe Santamaria, Marco Di Duca, Giulia Amico, Kenji Nakagawa, Francesca Antonini, Alberto Tommasini, Rita Consolini, Antonella Insalaco, Marco Cattalini, Laura Obici, Romina Gallizzi, Francesca Santarelli, Genny Del Zotto, Mariasavina Severino, Anna Rubartelli, Roberto Ravazzolo, Alberto Martini, Isabella Ceccherini, Ryuta Nishikomori, Marco Gattorno, Juan I. Aróstegui, Silvia Borghini

Notice bibliographique

RevueThe Journal of Rheumatology · 2017
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueInflammasome and immune disorders
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesEuropean Regional Development FundGeneralitat de CatalunyaMinisterio de Economía y CompetitividadMinistero della SaluteInstituto de Salud Carlos IIIUniversità di PisaCentres de Recerca de Catalunya
Mots-clésSanger sequencingMedicineSomatic cellGeneticsMutationDNA sequencingGeneBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Objective. To evaluate the rate of somatic NLRP3 mosaicism in an Italian cohort of mutation-negative patients with cryopyrin-associated periodic syndrome (CAPS). Methods. The study enrolled 14 patients with a clinical phenotype consistent with CAPS in whom Sanger sequencing of the NLRP3 gene yielded negative results. Patients’ DNA were subjected to amplicon-based NLRP3 deep sequencing. Results. Low-level somatic NLRP3 mosaicism has been detected in 4 patients, 3 affected with chronic infantile neurological cutaneous and articular syndrome and 1 with Muckle-Wells syndrome. Identified nucleotide substitutions encode for 4 different amino acid exchanges, with 2 of them being novel (p.Y563C and p.G564S). In vitro functional studies confirmed the deleterious behavior of the 4 somatic NLRP3 mutations. Among the different neurological manifestations detected, 1 patient displayed mild loss of white matter volume on brain magnetic resonance imaging. Conclusion. The allele frequency of somatic NLRP3 mutations occurs generally under 15%, considered the threshold of detectability using the Sanger method of DNA sequencing. Consequently, routine genetic diagnostic of CAPS should be currently performed by next-generation techniques ensuring high coverage to identify also low-level mosaicism, whose actual frequency is yet unknown and probably underestimated.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,158
Score d'incertitude au seuil0,181

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,242
Écart entre enseignants0,232 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations40
Publié2017
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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