Differentially androgen regulated genes in androgen dependent (LNCaP) and independent (C4-2) prostate cancer cells
Notice bibliographique
Résumé
4373 Prostate cancer (CaP) ultimately progresses to androgen independence (AI). Development of a lethal phenotype involves enhanced pro-survival cell signaling and altered androgen receptor (AR) function. The diversity of genes implicated in CaP progression is due, in part, to the heterogeneity and multifocal nature of CaP. Gene microarrays evaluated two critical variables involved in acquisition of AI CaP: (1) androgen responsive genes in AR and PSA secreting CaP cells and (2) differential gene expression in LNCaP androgen dependent (AD) and the closely related C4-2 (AI) CaP cells. LNCaP and C4-2 cells were cultured in androgen depleted medium for 2 days followed by treatment with or without 1 nM R1881. Total RNA was compared to control samples on the same chip each containing 14,000 70-mer oligos. Microarray experiments were repeated three times and confirmed by Northern blot and real time-PCR. GeneSpring 6.1 (Silicon Genetics) software was used to profile for significant changes in gene expression. Genes altered by addition (A+) or removal (A-) of androgens were measured as A+/A- and classified as up-regulated (> 1.5 fold) or down-regulated (
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».