From Virus Protection to Cell Isolation and Biomarker Discovery with Aptamers
Notice bibliographique
Résumé
New affinity molecules such as nucleic acid aptamers are in demand in the science and medical fields. Current aptamer selection technologies can generate unique aptamers with desired properties to targets of interest. My thesis describes a series of investigations on the protection of an oncolytic virus, the isolation of target cells from biological fluids, and aptamer-facilitated biomarker discovery. We tested individual aptamers and constructed a tetramer aptamer structure (quadramer) to increase virus infectivity. The quadramer protects vesicular stomatitis virus (VSV) during freeze–thaw cycles, shields the virus from neutralizing antibodies and increases viral active units. In addition to aptamers, we screened carbohydrate-based ice recrystallization inhibitors for the possible elimination of the cold chain of Vaccinia virus, VSV, and Herpes virus-1. N-octyl-gluconamide provides the longest shelf life for Vaccinia virus and Herpes virus-1 as tested according to the World Health Organization’s requirements for viral vaccines efficiency during transportation and distribution. We generated switchable aptamers capable of isolating cells expressing LIFR, NRP1, DLL4, uPAR, or PTCH1. These aptamers bind to the receptor positive cells in the presence of Mg2+ and Ca2+, and release the pure cells upon addition of EDTA. The aptamers were applied for a sequential positive immunomagnetic isolation of cells from mice bone marrow. We also utilized fluorescence-activated cell sorting (FACS) in our aptamer selections to develop switchable aptamers to positive isolation of monocytes from human blood. Moreover, we have selected non-switchable aptamers as an affinity probe to the cells expressing Axl receptor for immunofluorescent analysis and cell sorting. We determined aptamers to CD107a and applied them for biomarker discovery with mass spectrometry and found that CD107a was co-expressing with PD-1. Furthermore, we identified CD91 as binding partners to our aptamers in human monocytes using FACS and orbitrap mass spectrometry.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».