Selective breeding of lodgepole pine and interior spruce generates growth gains but maintains phenotypic and genomic adaptation to climate
Notice bibliographique
Résumé
Climate change is disrupting local adaptation in temperate and boreal tree species. As climates shift, tree breeding zones are becoming dissociated from their historical climatic optima and no longer represent optimal seed deployment zones. Assisted gene flow (AGF) policies that match reforestation seedlots with future climates require accurate knowledge of genetic variation in climatically adaptive traits in breeding populations. In this thesis I evaluate the effects of selective breeding on climatic adaptation in the two most planted species in western Canada, lodgepole pine (Pinus contorta) and interior spruce (Picea glauca, P. engelmanii and their hybrids), to inform provincial AGF prescriptions. I compared natural stand seedlots (n = 105 pine, 154 spruce) with selectively bred seedlots (n = 20 pine, 18 spruce) from across Alberta and British Columbia in common garden experiments. Phenotypic variation among breeding zones was assessed for growth, phenology and cold hardiness in relation to climate. For both species, phenotypic differences between natural and selected seedlings in growth traits were substantial. Height gains resulted from increased growth rate and delayed growth cessation, but autumn cold hardiness was not substantially reduced. Seedlings were also genotyped for ~30,000 candidate single nucleotide polymorphisms for growth and adaptive traits. Selection for growth has shifted interior spruce hybrid ancestry in some breeding populations, but these effects are not consistent across zones. A genome-wide association study of pine identified many trait-associated SNPs. Positive effect allele frequencies among pine breeding zones were strongly associated with climatic variation. Selection has resulted in small increases in the frequency of positive effect alleles in breeding populations. Associations among cold hardiness phenotypes, genotypes and climate dominated signals of local adaptation were preserved in breeding populations. Selection, breeding and progeny testing combined have produced taller pine and spruce seedlings without compromising climatic adaptation. Strong phenotype-genotype-climate associations suggest AGF will be necessary to match breeding populations with future climates, but selectively bred and natural seedlots can be safely redeployed using the same AGF prescriptions. Multi-locus genomic profiles of adaptive traits associated with climate provide an accurate, rapid method to assess climatic adaptation that is independent from long-term provenance trials.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».