De novo damaging coding mutations are strongly associated with obsessive-compulsive disorder and overlap with autism
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Obsessive-compulsive disorder (OCD) is a debilitating developmental neuropsychiatric disorder with a genetic risk component, yet identification of high-confidence risk genes has been challenging. We performed whole-exome sequencing in 222 OCD parent-child trios (184 trios after quality control), finding strong evidence that de novo likely gene disrupting and predicted damaging missense variants contribute to OCD risk. Together, these de novo damaging variants are enriched in OCD probands (RR 1.52, p=0.0005). We identified two high-confidence risk genes, each containing two de novo damaging variants in unrelated probands: CHD8 (Chromodomain Helicase DNA Binding Protein 8) and SCUBE1 (Signal Peptide, CUB Domain And EGF Like Domain Containing 1) . Based on our data, we estimate that 34% of de novo damaging variants seen in OCD contribute to risk, and that de novo damaging variants in approximately 335 genes contribute to risk in 22% of OCD cases. Furthermore, genes harboring de novo damaging variants in OCD are enriched for those reported in neurodevelopmental disorders, particularly autism spectrum disorders. An exploratory network analysis reveals significant functional connectivity and enrichment in canonical pathways related to immune response. SIGNIFICANCE STATEMENT Decades of genetic studies in obsessive-compulsive disorder (OCD) have yet to provide reproducible, statistically significant findings. Following an approach that has led to tremendous success in gene discovery for several neuropsychiatric disorders, here we report findings from DNA whole-exome sequencing of patients with OCD and their parents. We find strong evidence for the contribution of spontaneous, or de novo, predicted-damaging genetic variants to OCD risk, identify two high-confidence risk genes, and detect significant overlap with genes previously identified in autism. These results change the status quo of OCD genetics by identifying novel OCD risk genes, clarifying the genetic landscape of OCD with respect to de novo variation, and suggesting underlying biological pathways that will improve our understanding of OCD biology.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».