Genetic Diversity of Epstein–Barr Virus Lytic Gene BZLF-1 among Patients with and Without Post-transplant Lymphoproliferative Disorder
Notice bibliographique
Résumé
The relationship between genetic variants of the Epstein–Barr virus (EBV) and disease outcomes is of interest. This was explored in this study, with a focus on the lytic gene BZLF1. This is one the major genes of the virus which has been used to define newer subtypes of EBV. Of interest was the extent to which genetic diversity was associated with the presence of EBV-related post-transplant lymphoproliferative disorder (PTLD) among organ transplant recipients. DNA was extracted from peripheral blood mononuclear cells from transplant patients (with and without biopsy-proven PTLD) and persons with infectious mononucleosis (IM). Following amplification of the BZLF1 gene, dideoxy DNA sequencing was done on all 3 exons of the gene. Nucleotide sequences were aligned and compared with the EBV reference strain, B95.8. Data were descriptively summarized and medians and proportions compared using a non-parametric procedure and Fisher’s exact test, respectively. For this report, we examined the presence of mutations that resulted in a specific protein change (non-synonymous mutations). Sequences from 22 patients were studied; 6 sequences from patients with PTLD, 7 from transplant patients without PTLD and 9 from patients with IM. Most variations were in exon 1, where the median numbers of non-synonymous Single-nucleotide variations (SNVs) were: IM 0 (range 0–6), transplant without PTLD 0 (range 0–6) and PTLD patients 5 (range 0–8). Among transplant patients, 4 of 6 PTLD patients (66.7%) had at least 1 mutation compared with 1/7 non-PTLD patients (14.3%) (P = 0.1). Furthermore, PTLD patients were more likely to have SNVs compared with transplant patients without PTLD (23/78 vs. 6/91, P = 0.0001), where the denominator is the nucleotide count within the exon. A pattern of 5 SNVs within each sample was seen in 22% of IM patents, 0% of transplant patients without PTLD and 50% of PTLD patients. We have documented differences in the EBV BZLF1 variants among the study groups. A polymorphism pattern was identified among the disease states. Differences were observed between transplant patients with and without PTLD; thus providing the impetus for further research to define cause and effect relationships and whether the presence of BZLF1 variants might indicate an increased likelihood of PTLD. All authors: No reported disclosures.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».