Genetic Variation and Population Structure of Oryza glaberrima and Development of a Mini-Core Collection Using DArTseq
Notice bibliographique
Résumé
The sequence variation present in accessions conserved in gene banks can best be used in plant improvement when it is properly characterized and published. Using low cost and high density single nucleotide polymorphism (SNP) assays, the genetic diversity, population structure, and relatedness between pairs of accessions can be quickly assessed. This information is relevant for different purposes, including creating core and mini-core sets that represent the maximum possible genetic variation contained in the whole collection. Here, we studied the genetic variation and population structure of 2,179 Oryza glaberrima Steud. accessions conserved at the AfricaRice gene bank using 27,560 DArTseq-based SNPs. Only 14% (3,834 of 27,560) of the SNPs were polymorphic across the 2,179 accessions, which is much lower than diversity reported in other Oryza species. Genetic distance between pairs of accessions varied from 0.005 to 0.306, with 1.5% of the pairs nearly identical, 8.0% of the pairs similar, 78.1% of the pairs moderately distant, and 12.5% of the pairs very distant. The number of redundant accessions that contribute little or no new genetic variation to the O. glaberrima collection was very low. Using the maximum length sub-tree method, we propose a subset of 1,330 and 350 accessions to represent a core and mini-core collection, respectively. The core and mini-core sets accounted for ~ 61 and 16%, respectively, of the whole collection, and captured 97-99% of the SNP polymorphism and nearly all allele and genotype frequencies observed in the whole O. glaberrima collection available at the AfricaRice gene bank. Cluster, principal component and model-based population structure analyses all divided the 2,179 accessions into five groups, based roughly on country of origin but less so on ecology. The first, third and fourth groups consisted of accessions primarily from Liberia, Nigeria, and Mali, respectively; the second group consisted primarily of accessions from Togo and Nigeria; and the fifth and smallest group was a mixture of accessions from multiple countries. Analysis of molecular variance showed between 10.8- 28.9% of the variation among groups with the remaining 71.1-89.2% attributable to differences within groups.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».