125: Genetic Diversity of Epstein-Barr Virus Latent Gene EBNA-1 Among Transplant Patients and Patients with Infectious Mononucleosis.
Notice bibliographique
Résumé
Introduction: The distribution of Epstein Barr Virus (EBV)-associated pathologies varies worldwide. The EBNA-1 gene encodes a fundamental protein as it helps maintain the EBV episome and is expressed in all EBV-associated malignancies. It is unclear whether variation within EBNA-1 accounts for these different pathologies, or whether variation in the EBNA-1 sequence is simply due to varying geographical distribution. To compare DNA sequences between patients with different EBV associated pathologies, to see if these can be explained by different mutations. We sequenced the EBNA-1 gene from samples taken from transplant patients, which included asymptomatic transplant patients and patients with post-transplant lymphoproliferative disorder (PTLD), as well as patients with infectious mononucleosis (IM). Sequencing was done by Sanger methodology and the sequences were aligned with reference strains and compared with publically available databases. There were 20 samples; transplant = 11, IM = 9. Male to female ratio 1:1.2, age range 1–17 years. Of the transplant patients, four had PTLD. Phylogenetic trees showed there was great genetic diversity between strains when compared to publicly available sequences and no particular disease-related clustering. Within the carboxy terminal of EBNA-1 we found eighteen sites associated with amino acid substitutions; (residues 410, 429, 439, 471, 476, 487, 492, 499, 500, 502, 524, 525, 563, 574, 585, 588, 594, 595). Looking at the amino acid at position 487, transplant strains were more likely the P-Thr subtype, and less likely the P-Ala subtype, compared to IM strains; (71% of non-PTLD transplant strains were of the P-Thr subtype, compared to 75% of PTLD strains and 67% of IM strains, while 14% of non-PTLD strains were P-Ala, compared to 25% of PTLD strains and 33% of IM strains). Interestingly, 14% of non-PTLD transplant strains were of the V-Leu subtype. The percentage of amino acid substitutions was higher in the transplant patients, (52% in non-PTLD samples, 45% in PTLD samples, compared with 40% in IM samples). Conclusion: In conclusion, we generated 20 new EBNA-1 sequences from strains isolated in Toronto and showed that there is genetic diversity in EBNA-1 sequences within one city. Our initial findings suggest that the type and frequency of amino acid substitutions may vary between transplant patients compared with patients with infectious mononucleosis. Further research will define the significance of these observations, including the extent to which these findings relate to the severity of infectious mononucleosis or the genesis of EBV-related PTLD.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».