Proline Hydroxylation in Cell Wall Proteins: Is It Yet Possible to Define Rules?
Notice bibliographique
Résumé
Cell wall proteins (CWPs) play critical and dynamic roles in plant cell walls by contributing to developmental processes and response to environmental cues. Since the CWPs go through the secretion pathway, most of them undergo post-translational modifications (PTMs) which can modify their biological activity. Glycosylation is one of the major PTMs of CWPs and refers to N-glycosylation, O-glycosylation and glypiation. Each of these PTMs occurs in different amino acid contexts which are not all well defined. This article deals with the hydroxylation of Pro residues which is a prerequisite for O-glycosylation of CWPs on hydroxyproline (Hyp) residues. The location of Hyp residues is well described in several structural CWPs, but yet rarely described in other CWPs. In this article, it is studied in detail in five Arabidopsis thaliana proteins using mass spectrometry (MS) data: one of them (At4g38770, AtPRP4) is a structural CWP containing 32.5% of Pro residues arranged in typical motifs, the others are either rich (27-28%, At1g31580 and At2g10940) or poor (6-8%, At1g09750 and At3g08030) in Pro residues. The known rules of Pro hydroxylation allowed a good prediction of Hyp location in AtPRP4. However, they could not be applied to the other proteins whatever their Pro content. In addition, variability of the Pro hydroxylation patterns was observed within some amino acid motifs in all the proteins and new patterns of Pro hydroxylation are described. Altogether, this work shows that Hyp residues are present in more protein families than initially described, and that Pro hydroxylation patterns could be different in each of them. This work paves the way for completing the existing Pro hydroxylation code.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».