3946Comparison of genetic signature of isolated left ventricular non-compaction cardiomyopathy and familial dilated cardiomyopathy as assessed by whole exome sequencing
Notice bibliographique
Résumé
Introduction: Isolated left ventricular non-compaction cardiomyopathy (LVNC) is an unclassified form of cardiomyopathy which may overlap with genetic forms of dilated cardiomyopathy. We aimed to compare genetic architecture of LVNC and familial DCM (DCM) to elucidate whether LVNC represents a distinct disease entity. Methods: A representative cohort of 39 patients (pts) with LVNC and 83 probands with familial DCM [mean age 49±14 years; 85 males (70%), 37 females (30%)] from three tertiary care hospitals was assessed by whole exome sequencing (WES; SeqCap EZ MedExome, Roche, USA; Illumina, USA). Detected variants were confirmed by Sanger DNA sequencing and their segregation was assessed in available families. Diagnosis of LVNC was made by two specialists, based on echocardiographic criteria and/or cardiac magnetic resonance imaging. Familial DCM was defined as confirmed diagnosis of DCM in ≥2 closely related family members. Results: Three probands (8%) with LVNC had familial disease with either LVNC (2 cases) or hypertrophic cardiomyopathy (1 case) in a first degree relative. In LVNC patients, WES revealed one pathogenic mutation in 26 pts (67%), ≥2 pathogenic mutations in 4 pts (10%) and an inconclusive result in 9 pts (23%). The corresponding results of WES in familial DCM were as follows: one pathogenic mutation in 50 pts (60%), ≥2 pathogenic mutations in 11 pts (13%) and an inconclusive result in 22 pts (27%). Table illustrates differences between both diagnoses. Mutations affecting sarcomeric genes (MYH7, MYH6, ACTC1, TNNT2, TPM1) and group of other genes (PRDM16, RBM20, LAMP2, RAF1, TMEM43, TNNI3K, TBX20) were more common in LVNC than in familial DCM. On the other hand, truncating mutations of titin were the most common etiology of familial DCM followed by mutations of sarcomeric (MYH7, MYBPC3, TNNT2, TNNI3, MYOC1) and desmosomal (DSP, PKP2) genes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».