Abstract 15641: Profiling the Altered Cellular and Secreted Proteome of Cardiac Fibroblasts in Hypoxia Through Label-free Quantitation
Notice bibliographique
Résumé
Introduction: Cardiac fibroblasts (CF) are key contributers to pathophysiology of the heart after ischemic injury and disease progression, such as fibrosis, which ultimately lead to heart failure Cardiomyocyte (CM) and CF intercellular communication can occur through paracrine interactions and modulate to myocyte stress response. In addition to soluble factors, cardiac cells secrete exosomes (EXO), with evidence suggesting CF EXO modulate pathophysiology in vitro . Detailed proteomic analysis of the fibroblast secretome in normal and stressed conditions will offer insights into the role of CF in heart disease. Methods: Primary mouse CF were cultured for 24h in 21% (normoxic) or 2% (hypoxic) O 2 for 24h in serum-free media. Conditioned media was differentially centrifuged and ultracentrifuged to obtain EXO and EXO-depleted secretome (SEC) fractions. Successful EXO isolation was verified biochemically and via electron microscopy. 6-step MuDPIT was performed on four biological replicates in duplicate. Whole cell lysate data (WCL) was also generated to provide subcelluar context to the CF secretome. Data was searched using multi-search algorithm platform. Protein relative abundance was compared using QSpec. Results: Proteomic analysis identified 6163 unique proteins in total, with 5655, 1752, and 715 in normoxic WCL, EXO, and SEC, respectively and 5158, 1616, and 1042 in hypoxic WCL, EXO, and SEC, respectively. QSpec analysis identified 494 proteins differentially expressed between normoxic fractions, 430 proteins between hypoxic fractions, 122 proteins between normoxic and hypoxic SEC, and 144 proteins between normoxic and hypoxic EXO. Gene Ontology revealed hypoxic conditions increase expression of ECM and signalling annotations, suggesting an activated secretory phenotype. Proteins enriched in EXO and in SEC were associated with cytoskeleton and glycoprotein annotations, respectively. For functional assessment, we subjected cardiomyocytes pretreated with either CF EXO or SEC for 24h, to 60 μM H 2 O 2 for 24h to mimic oxidative stress. Viability assays suggest reduced viability due to CF-derived secreted factors. Conclusions: CF secretome proteomics reveal differential expression based on mode of secretion and oxygen-levels in vitro .
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».