Comparison of a South African and Canadian Isolate of the Nucleopolyhedrosis Virus Infecting the Insect<i>Trichoplusia ni</i>
Notice bibliographique
Résumé
The nucleotide and amino acid sequence of the ecdysteroid UDP-glucosyltransferase (egt), polyhedrin (pol), inhibitor of apoptosis (iap2 and iap3), late expression factor (lef) 9 and vp1054 genes of a South African isolate of Trichoplusia ni single nucleopolyhedrovirus (TnSNPV) was compared to a Canadian isolate of TnSNPV. Nucleotide and amino acid sequence identity for the compared genes ranged from 89%to 98%and 95%to 99%, respectively. The deduced amino acid sequences of the TnSNPV egt, pol, iap3, lef-9 and vp1054 genes were used to infer phylogenetic trees and these were compared to the tree inferred from combined data sets consisting of the amino acid sequences of polyhedrin/granulin, lef-8 and lef-9 genes of 48 completely sequenced baculoviruses. The topologies of trees for the baculovirus core genes pol, lef-9 and vp1054 were better resolved than that of the auxiliary genes iap2, iap3 and egt when compared to the tree inferred from complete genome sequences. Sequence and phylogenetic analysis confirms that the two geographically disparate isolates are closely related. The tree inferred from the combined data set represents a quick and reliable method of identification particularly, when whole genome data are not available.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».