A comparative study between infectious and systemic inflammation
Notice bibliographique
Résumé
Activation of innate immune system may occur as a result of either external (mostly infection-mediated inflammation) or internal factors (systemic inflammation). Distinct stimuli act on the immune cells to induce diverse pathways leading to characteristic gene expressions in these cases. Bacterial inflammation, caused primarily by its lipopolysaccharides (LPS), conceives an array of diseases including intestinal bowel disease (IBD), ulcerative colitis and sepsis. In contrast, release of pro-inflammatory cytokines such as IL-6 or TNF-α leads to chronic inflammatory diseases, for example, rheumatoid arthritis (RA), juvenile idiopathic arthritis, Castleman’s disease, etc. It is important to understand the signatures of infectious and systemic gene expression for better designing of treatment regime against inflammatory diseases. To understand the distinctive pattern of gene expression between infectious inflammation and systemic inflammation, THP-1 macrophages were treated individually with LPS (100 ng/mL), IL-6 (50 ng/mL) or TNF-α (10 ng/mL) and global transcriptomic analysis was performed using Agilent’s human 8x15K array. The common set of differentially expressed genes in IL-6 and TNF-α-treated cohorts were compared with LPS-treated cohorts. Our analysis revealed that 2743 and 150 genes contributed to LPS-mediated inflammation and systemic inflammation with respect to untreated samples, respectively (fold change ≥ 1.5). 868 commonly expressed genes contributed to systemic inflammation with respect to LPS-mediated inflammation. Among these commonly expressed genes, only 68 genes were observed to contribute to both types of inflammation, suggesting their importance in activation of diverse pathways in LPS-mediated and systemic inflammation. A detailed functional annotation of these genes revealed that EGR1, JUN, NF-kB, REL, STAT-1 and BCL-3 are important transcription factors (TFs) for distinctive signatures between these two types of inflammation. In addition, these TFs were found to be involved in innate immune response. Further investigation into the gene expression dataset from rheumatoid arthritis patients (treated with anti-TNF-α antibody) revealed 24 genes which are present within these 68 genes having an inverse mode of expression. This observation suggests the importance of these 24 genes for designing novel therapeutic targets.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».